| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,113,885 | T→A | 7.4% | F78L (TTT→TTA) | USA300HOU_1045 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,113,885 | 0 | T | A | 7.4% | 198.2 / 4.7 | 64 | F78L (TTT→TTA) | USA300HOU_1045 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/27); new base A (3/2); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
AAAGTGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAA > CP000730/1113746‑1114023 | aaaGTGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTg < 1:423723/141‑1 (MQ=255) aGTGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCg < 2:305176/141‑1 (MQ=255) tGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGAc > 2:518008/1‑141 (MQ=255) tGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGAc > 2:304101/1‑141 (MQ=255) tGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTAGCGAc > 1:303549/1‑141 (MQ=255) tGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTAGCGAc > 1:661282/1‑141 (MQ=255) aTGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAAttt < 2:543084/141‑1 (MQ=255) aTGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAAttt > 1:63727/1‑141 (MQ=255) cATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTa < 1:162604/141‑1 (MQ=255) aCGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTGTGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAgg > 2:15024/1‑141 (MQ=255) cGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTCGATTTGCTACAGCCCACAACGGGTGCTTTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGa < 1:549100/141‑1 (MQ=255) aagaaTTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTa < 1:101986/141‑1 (MQ=255) agaaTTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAg < 1:506724/141‑1 (MQ=255) gaaTTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGa > 1:521996/1‑141 (MQ=255) tAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAAt < 1:438986/141‑1 (MQ=255) aGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAAtt > 1:521166/1‑141 (MQ=255) aaGTAATTATCTCAGAGCGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGTAATTATTTTATTAATATCAACCCTTTATGGTATATTGGCGACAATTTGTAGTAGGGGACGTAGAAAATTATCg < 2:530292/141‑1 (MQ=255) tATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGGTATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATAc < 1:440227/141‑1 (MQ=255) tATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATAc < 2:64911/141‑1 (MQ=255) aTCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACt > 2:707423/1‑141 (MQ=255) tctcAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACtt < 2:683960/141‑1 (MQ=255) tcAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACtttt > 1:277946/1‑141 (MQ=255) aGAACGGTGGCGAGGTTTCTGTAGATATGATCCAGACAAAAATGGGAGCATTAGCAATTATTTTATTAAGTTCACCACTTTATGTTATATTAGAGACATTTTGTATTAAAGGACGTAGAAATTTATCGATTATACTTTTTg > 2:165278/1‑141 (MQ=255) tGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATcgc > 2:504193/1‑141 (MQ=255) ggCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAACGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATcgcg > 2:519097/1‑141 (MQ=255) ggCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATcgcg > 1:76723/1‑141 (MQ=255) gCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGa < 1:615331/141‑1 (MQ=255) aGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATaa > 1:617283/1‑141 (MQ=255) tttCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTg < 1:323820/141‑1 (MQ=255) tttCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTg > 2:250833/1‑141 (MQ=255) ttCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGt < 1:483969/141‑1 (MQ=255) ttAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATTGTTATAATTGTAAGt > 2:474525/1‑141 (MQ=255) tatGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGAt < 2:347800/141‑1 (MQ=255) cctcacccaacaaTGGGTGCATTAGTAATTATTTTATTTATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGCACGTAGAAAATTATCTATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGct < 2:312760/134‑1 (MQ=255) ttCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGctc < 2:114368/141‑1 (MQ=255) ttCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGctc > 2:283479/1‑141 (MQ=255) ttCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGctc < 2:20218/141‑1 (MQ=255) cAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCtt > 1:190219/1‑141 (MQ=255) caaTGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCttaatttaa > 1:247700/1‑141 (MQ=255) aTGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTtaatttaatt > 2:334753/1‑141 (MQ=255) tGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTAGCGACAATTTGTATTAAGGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTg < 2:661282/141‑1 (MQ=255) tGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTAGCGACAATTTGTATTAAGGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTg < 2:303549/141‑1 (MQ=255) gggTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGc > 2:708259/1‑141 (MQ=255) ggTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCa > 1:615087/1‑141 (MQ=255) ggTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCa < 2:52656/141‑1 (MQ=255) tGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAAt < 2:712617/141‑1 (MQ=255) tGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAAt > 2:699239/1‑141 (MQ=255) cATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTg > 1:786080/1‑141 (MQ=255) cATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTg > 2:209614/1‑141 (MQ=255) cATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTg > 1:39032/1‑141 (MQ=255) aTTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGt > 1:564596/1‑141 (MQ=255) aGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCtt > 1:160135/1‑141 (MQ=255) gCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTa < 2:650148/141‑1 (MQ=255) gCAATTATTTTATTAATTTCAACACGTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTa < 1:325268/141‑1 (MQ=255) aaTTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATg > 2:691847/1‑141 (MQ=255) ttattttattAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATggg < 1:24063/141‑1 (MQ=255) ttttattAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTa < 1:479901/141‑1 (MQ=255) tttattAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTAt > 2:601326/1‑141 (MQ=255) tttCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGtgatga < 2:695247/141‑1 (MQ=255) cAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTa > 1:492816/1‑141 (MQ=255) aaCACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTAt > 1:539815/1‑141 (MQ=255) tATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGAtt < 2:68531/141‑1 (MQ=255) tATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGAtt > 1:236115/1‑141 (MQ=255) ggTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCt < 1:722550/141‑1 (MQ=255) tttGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTaaaaaa < 1:47581/141‑1 (MQ=255) tttGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTATTAATTTAATTGCAGTATTCAGCTTGATGATCGTTTTAAGTTTGTTGATTTCTaaaaaa > 1:350320/1‑141 (MQ=255) | AAAGTGGTAATGCATCACAACGTGAAGAATTAGCGAAGCAATTATCTCAGAACGGTGGCAAGGTTTCTTTAGATATGCTTCAGACAACAATGGGTGCATTAGCAATTATTTTATTAATTTCAACACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGACGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTATCGCGATAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAA > CP000730/1113746‑1114023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |