Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 76,185 | G→A | 14.2% | intergenic (+243/‑891) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 76,185 | 0 | G | A | 14.2% | 101.8 / 7.0 | 41 | intergenic (+243/‑891) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/17); new base A (4/2); total (22/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG > CP000730/76047‑76323 | aaTATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGta > 1:67789/1‑141 (MQ=255) aaTATTGCTGAACCTGTATCACATAGAACAGCTAACCAAAGTGATAGAAAACCAGAAAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAgaaaaaaaaaaa < 2:251594/141‑12 (MQ=255) tgctgcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACaaaa < 1:170302/141‑1 (MQ=255) ccTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGtc < 1:275284/141‑1 (MQ=255) tCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGt > 1:13582/1‑141 (MQ=255) aCTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTAt < 2:238773/141‑1 (MQ=255) ttAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGa < 1:202462/141‑1 (MQ=255) aGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAAc < 1:303214/141‑1 (MQ=255) cgaattaaaGTGGTAGTAATCCAGGAAATATTAACACAAAGGGAATTAATTTAAGAATAATATCAAAATAGACGTTATGATGCAAAGTAAAAGCTATAGTAGAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTTGGAACGAtaaca > 2:64639/7‑137 (MQ=19) tAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGATCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGGATAATATGAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTaa > 2:237731/1‑141 (MQ=255) tCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACACTTTACCaa > 2:267254/1‑141 (MQ=255) ggattACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 2:55104/5‑141 (MQ=255) agAATATTAAAACAAAATCAATTAATTTAATAATTATAACAAAATATAGGATATGATTAAAAGATAAATATATAATATTATTATAAAAAAAAGGAATCTAATGTATGAATTATTTGAGATATAAACAATTTataaaagaat > 2:64029/2‑132 (MQ=255) aaTACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGtt < 1:60946/141‑1 (MQ=255) cTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACaaagcgagtatca > 2:178301/1‑130 (MQ=255) ggCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGt > 2:90283/1‑141 (MQ=255) cAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTg > 2:221785/1‑141 (MQ=255) aattaattTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATATAAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTgg < 2:152717/141‑1 (MQ=255) ttaatttaatAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGccaacggct < 1:58559/141‑8 (MQ=255) ttaatttaatAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGct < 1:240944/141‑1 (MQ=255) tttaatAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGctacta > 1:13762/1‑141 (MQ=255) ataatTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTa > 1:127288/1‑141 (MQ=255) ataatTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTAAAAATAAAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTa < 2:60688/141‑1 (MQ=255) aatTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAg < 1:176929/141‑1 (MQ=255) ttATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGat < 1:70709/141‑1 (MQ=255) ataaaaTAT‑GGTTCTGTTGAAGAGTTGAATTTATGATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATTTAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTTTATATGATATGCAt < 2:59234/139‑1 (MQ=1) agttaggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAtt > 1:327674/8‑141 (MQ=1) atcaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 2:286777/138‑1 (MQ=9) aggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgc < 2:331812/138‑2 (MQ=2) aGGTTCTGTTGCAAAGTTGTATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGACGTTGGCTACTATATAAGATATGCATTGAGCTAt > 2:302387/1‑141 (MQ=11) aGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTAt > 1:188837/1‑141 (MQ=2) cAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATc > 2:226681/1‑141 (MQ=35) aGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGa < 2:95958/141‑1 (MQ=35) tttataGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTa > 2:12562/3‑141 (MQ=14) tCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTa > 2:192145/1‑141 (MQ=34) ttataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTaa < 1:60001/140‑1 (MQ=12) ttataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTaa < 1:16167/140‑1 (MQ=12) ttataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTaa < 1:301828/140‑1 (MQ=12) ttataGTATAATATTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTaa < 2:157194/140‑1 (MQ=12) tataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAg > 1:226361/1‑141 (MQ=12) ataGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAgg > 1:222202/1‑141 (MQ=17) ataGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAgg < 2:216893/141‑1 (MQ=32) agaGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAgg < 2:216843/139‑1 (MQ=17) taGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAggg > 1:84485/1‑141 (MQ=17) taGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAggg > 1:12656/1‑141 (MQ=17) taGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAggg > 2:108473/1‑141 (MQ=32) | AATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG > CP000730/76047‑76323 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |