Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 111,516 | C→A | 33.5% | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 111,516 | 0 | C | A | 33.5% | 69.6 / 34.5 | 48 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/14); new base A (8/8); total (26/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
CTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGA > CP000730/111376‑111655 | cTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTc < 1:7157/141‑1 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCATTATAGCTTTTTTAACGATTTAATGAATTATACAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 1:147822/141‑1 (MQ=25) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 2:28384/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAata < 1:237574/141‑1 (MQ=255) ttAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAt < 1:218206/141‑1 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGTTAAATATCAATTa > 2:78333/1‑141 (MQ=18) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTTTTTTTTTTTGTAATATTAAATATTAAATGAATTATAAAGAGGTAGATATATAGTATAAGTGAGATGTTCTGAGGTTTTCAGGTCAATATGAATTaa > 2:310526/1‑141 (MQ=12) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt > 1:251920/1‑141 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt > 2:160490/1‑141 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAat > 2:115947/1‑141 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg < 1:187082/141‑1 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg > 1:245579/1‑141 (MQ=255) aaGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg > 1:81344/1‑141 (MQ=255) aGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt < 1:266844/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:76277/141‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTTTTTTTTTTAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATGATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTAAATATCAATTAACTTATGATTATTATTATGTtaa > 2:317249/1‑141 (MQ=17) aTCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa < 1:51009/141‑1 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaaa > 1:285285/1‑140 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAc > 1:290293/1‑141 (MQ=255) tttttatGAGAAATATAGAAATTATAACGATATAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATCTCAATTAACTAATAATGCTTATAATGTAAAAAAATTCCACAAAAg < 2:130689/140‑1 (MQ=14) ttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATg > 1:161288/1‑141 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGa > 2:133083/1‑141 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 2:195394/141‑3 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata > 1:231621/1‑139 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 1:249211/141‑3 (MQ=255) tttttttttcAATTTTAAAGAGTTAATGAATTTTAAAGTTGGGGATGTATCATATAATCCTGAGGTTCCGAGTTATTCGTTTTTTTATTTATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGatattatat > 2:256815/10‑136 (MQ=9) ttttttttgCAATTTAAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGGGATATATCATATAATCCAGCGGTTCCGAGTTATTCAGCTCTATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt > 2:91506/9‑141 (MQ=18) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGatat > 2:203093/1‑138 (MQ=255) ttttataTCAATTTTAAAGATGTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTACATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGAtata > 2:246898/4‑141 (MQ=14) taGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCATCTCAATATCAATTAACTAATGATGAATATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaac > 2:43085/1‑141 (MQ=255) taGCAATGTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaac < 1:300994/141‑1 (MQ=255) aGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaaca > 2:127103/1‑141 (MQ=255) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa > 2:199193/1‑141 (MQ=255) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa > 1:230506/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacgag < 2:35990/141‑7 (MQ=11) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATaaa < 1:34138/141‑1 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcgc > 2:106286/1‑141 (MQ=255) aTTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGa > 2:89838/1‑141 (MQ=255) tttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGaa < 2:26670/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATAACAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttgt < 1:95760/141‑1 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAgg < 2:161288/141‑1 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 1:199193/141‑1 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTa > 1:315121/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 2:43173/141‑1 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca > 2:91254/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGa < 2:34323/141‑1 (MQ=255) aGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGatat < 1:192140/141‑1 (MQ=255) ttATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaa < 1:138985/141‑1 (MQ=255) tCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGa > 2:34598/1‑141 (MQ=255) | CTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAG‑TTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGA > CP000730/111376‑111655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |