| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 217,036 | T→A | 15.4% | intergenic (‑203/+23) | argD ← / ← brnQ | ornithine‑‑oxo‑acid transaminase/possible LIVCS family branched chain amino acid:cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 217,036 | 0 | T | A | 15.4% | 94.6 / 10.6 | 38 | intergenic (‑203/+23) | argD/brnQ | ornithine‑‑oxo‑acid transaminase/possible LIVCS family branched chain amino acid:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/16); new base A (3/3); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATT > CP000730/216899‑217171 | ataAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAAc > 2:193169/1‑141 (MQ=255) gATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATg < 1:135323/141‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATg < 1:135331/141‑1 (MQ=255) tagggTTGTGTGTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTAATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAAAAAAAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGAc < 2:314857/138‑1 (MQ=255) 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ATAAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATT > CP000730/216899‑217171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |