| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,715,153 | T→C | 10.5% | D33G (GAC→GGC) | accB ← | acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxyl carrier subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,715,153 | 0 | T | C | 10.5% | 98.8 / 3.9 | 38 | D33G (GAC→GGC) | accB | acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxyl carrier subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/18); new base C (2/2); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
TGGTGATTTAATGTCATGATAATCATTTGTCGAAACATCGGAGTTATCATTCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATCCCCTTTTAAAATTGTTGCTAATTTTTT > CP000730/1715017‑1715287 | tGGTGATTTAATGTCATGATAATCATTTGTCGAAACATCGGAGTTATCATTCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGCCAAt > 1:231860/1‑141 (MQ=255)tGGTGATTTAATGTCATGATAATCATTTGTCGAAACATCGGAGTTATCATTCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTAATACTCTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCAAAATGATTCGAGTCAGAGAAGCCAAt > 1:65599/1‑141 (MQ=255) gtgagttccagTCAAGATACTCATAAGTCAAAACATAGAAGATATCAATAGCTTTTGAAACTATCAAATCATTATTGTTCTTATTTTGATTTAATTGATTACTGTTTGCAGAAAAATAATTTGAGTCAGTGAAGTCAAttt > 2:171391/11‑141 (MQ=255) tGATTTAATGTCATGATAATCATTTGTCGAAACATCGGAGTTATCATTCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTc > 1:233006/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTATCATTCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATACTTAAATTTCTTAAc > 2:273794/1‑141 (MQ=255) aTTCTCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTTAAGCCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCAtt < 2:65599/141‑1 (MQ=255) aTTCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGCCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCAtt < 2:231860/141‑1 (MQ=255) ttCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCAttt > 1:86022/1‑141 (MQ=255) gAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACt > 1:194784/1‑141 (MQ=255) gAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACt > 1:9667/1‑141 (MQ=255) gCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAAt > 1:12296/1‑141 (MQ=255) attattGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTg < 1:28657/141‑1 (MQ=255) tattGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGGCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCGTTTTCCTTCACTAATTTGGTTATTTGtt < 2:257015/141‑1 (MQ=255) aTACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGAttttt > 1:69177/1‑141 (MQ=255) cTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCa < 1:28730/141‑1 (MQ=255) atttgattGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATAtt > 1:80516/1‑141 (MQ=255) attACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACa < 1:226650/141‑1 (MQ=255) attACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACa < 2:296460/141‑1 (MQ=255) ttACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACaa > 2:292971/1‑141 (MQ=255) tgtgtgCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATcc < 2:135586/141‑1 (MQ=255) gtgtgCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATccc < 2:132797/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATCCCCTTTTAAAATTGTTGCTAAttt < 2:307867/141‑1 (MQ=255) tCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATCCCCTTTTAAAATAGTTGCTAAttt < 2:145523/141‑1 (MQ=255) tCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATCCCCTTTTAAAATAGTTGCTAAttt < 2:145543/141‑1 (MQ=255) gTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATCCCCTTTTCGTGTTGTTGCTAAtttttt > 1:168891/1‑141 (MQ=255) gTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATCCCCTTTTAAAATTGTTGCTAAtttttt > 2:85926/1‑141 (MQ=255) | TGGTGATTTAATGTCATGATAATCATTTGTCGAAACATCGGAGTTATCATTCGCTTTTGAAGCTGTCAAATCATTATTGTTCATACTTTGATTTGATTGATTACTGTGTGCAGCCAAATGATTCGAGTCAGTGAAGTCAATTTCTATTTCATCTTCAAAATTTTTATATTTAAATTTCTTAACATCATTTTCCTTCACTAATTTGATTATTTGTTCGATTTTTTCAATATTCATTTTACAAATCCCCTTTTAAAATTGTTGCTAATTTTTT > CP000730/1715017‑1715287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |