| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,454,626 | A→T | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 2,454,626 | 0 | A | T | 99.2% | 374.8 / NA | 117 | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (51/65); total (51/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AATGAAGAACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCTAA > CP000730/2454482‑2454765 | gaagaaCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCa > 1:881855/1‑148 (MQ=255) gaagaaCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCa > 1:383811/1‑148 (MQ=255) aagaaCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATTTTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt > 1:1154511/1‑148 (MQ=255) aagaaCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt > 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acaatacaatTTCTCGTTTTCAATGGTCAATGACGATTTTCGTCGTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 2:436857/148‑1 (MQ=255) aCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 2:331921/148‑1 (MQ=255) aCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 1:524160/148‑1 (MQ=255) aCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 1:944120/148‑1 (MQ=255) aCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 1:141147/148‑1 (MQ=255) 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aaTGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACt < 2:2445/148‑1 (MQ=255) aTGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCCATACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTCAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTc > 2:572151/1‑148 (MQ=255) gccAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGtt > 2:1087554/3‑148 (MQ=255) gCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGttt > 1:100084/1‑148 (MQ=255) cAATGACTCTTTTCGTCTTCTTTGTTATTACAATGGCGTTATCCATTATTCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGtttt < 2:42589/148‑1 (MQ=255) 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ttGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACt > 2:1160731/1‑148 (MQ=255) tCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCATTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGc < 1:885295/148‑1 (MQ=255) tCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGc < 1:885503/148‑1 (MQ=255) aaTGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTa > 1:1015963/1‑148 (MQ=255) aaTGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTa > 1:1187505/1‑148 (MQ=255) 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tATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGACTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACAATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATtctc > 2:26663/1‑148 (MQ=255) ccATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTGGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAAt > 1:73720/1‑148 (MQ=255) tATGCTCAGAGATTTCCCGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGc < 1:38199/148‑1 (MQ=255) aTGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGcc > 2:1114431/1‑148 (MQ=255) tGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTGCAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCt < 1:680523/148‑1 (MQ=255) 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acacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAtt > 2:218396/1‑148 (MQ=255) cacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt < 2:123331/148‑1 (MQ=255) cacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt < 2:671594/148‑1 (MQ=255) ccTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGCTCCCACTTGCGGGTTAGCAACTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAtttt < 2:1003741/147‑1 (MQ=255) cTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTa < 2:100084/148‑1 (MQ=255) ttATATTGGAAGTTACAGATCGTGCATCATGAAG‑TGCGGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGGAAGTAATTGTATGGCTATTGCTAGCTTTAATTTTAcc < 1:1184121/148‑1 (MQ=255) ttAAATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGCAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTAcc < 2:688905/148‑1 (MQ=255) taaGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatta < 1:885119/147‑1 (MQ=255) gAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatta < 1:699233/148‑1 (MQ=255) gAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatta > 2:908909/1‑148 (MQ=255) aCAGATCTTGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTGTTCTaa > 1:589351/1‑148 (MQ=255) | AATGAAGAACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAAT‑TGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCTAA > CP000730/2454482‑2454765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |