| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 629,681 | C→A | L84I (CTA→ATA) | hxlA → | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 97.9% | 288.9 / NA | 95 | L84I (CTA→ATA) | hxlA | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (47/46); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTG > CP000730/629539‑629825 | ttACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGAAAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGgt < 2:650568/148‑1 (MQ=255) aaCGAAGGTTTACCAGCAGTAAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTg < 1:128737/148‑1 (MQ=255) aCGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAGTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCCCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGc > 1:548619/1‑148 (MQ=255) cGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTCCAATAATAGGTGTTGCa > 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atatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcagc > 2:1447/1‑148 (MQ=255) atatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcagc > 2:1175829/1‑148 (MQ=255) atatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCGGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATCATAGGAGTTGCAGACGATGCATAAGTAAAagcaga > 2:936835/1‑147 (MQ=255) tGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt > 1:463224/1‑148 (MQ=255) gCATACAACATTAGTAATGGTAAAGTATTAGCTGACATGAAAATTATAGATGGCGGTGATTATGATGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTGAAGCAGCTATTg < 2:635984/148‑1 (MQ=255) 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cAGACAACATTAGTAATGAAAAAGGATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga < 1:1002090/148‑1 (MQ=255) acaacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaaga < 2:382665/148‑1 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 1:822568/148‑1 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 1:822729/148‑1 (MQ=255) aacaTCAGTAATGTAAAAACATCAGCAGACATGAAAATTATAGAAACAACTGATTATGAAGCTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 1:701372/148‑1 (MQ=255) 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cgcgGATGTAATTACAATAATAGGAGCTGCAGAAGATGCAAAACTTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:790365/1‑148 (MQ=255) cgcgGATGTAAGTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGAATTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:848097/1‑148 (MQ=255) cgcgGATGTAAATACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGACTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:848092/1‑148 (MQ=255) gcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:403690/1‑148 (MQ=255) ggATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGt < 2:157109/148‑1 (MQ=255) aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 1:521594/148‑1 (MQ=255) aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 1:605041/148‑1 (MQ=255) aaTTAAAATAATAGGTGTTGGAGAATATGCATTAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATCATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 2:1140439/148‑1 (MQ=255) aaTTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 2:91074/148‑1 (MQ=255) ttACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATACACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATta > 1:785976/1‑148 (MQ=255) ttACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAttt > 1:719223/1‑147 (MQ=255) ttACAATAATAGGTGTTGCAGAAAATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATta > 1:742050/1‑148 (MQ=255) tACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATtat < 1:418887/148‑1 (MQ=255) aCAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAAAGGGTGATGATtata > 1:878282/1‑148 (MQ=255) aCAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCAACAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGATCATAAAAATAATAAACAGTTACTAGTGGATATGATTGCTGTGCAAGATATAGAAAAACGGGCAAAAGAACTAGATGAAATGGTTGCTCATtata > 1:876177/1‑148 (MQ=255) aaataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTatat < 2:434470/147‑1 (MQ=255) aataatAGGTGTTGCAGAACATGCATCAATTACAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATCAAAATAATAAACAATTACCAGTTGATATGATGGCTGTTCAAGATTTAGAAAAGTGTGCAAAAGAACTCGATGAAATGGGTGCGGACTATAtt > 2:597572/1‑148 (MQ=255) ataataGGTGTTGCAGAAGATGCGTCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGCAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:789838/148‑1 (MQ=255) ataataGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:766673/148‑1 (MQ=255) ataataGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:522026/148‑1 (MQ=255) ataataGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:1103609/148‑1 (MQ=255) | TTACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTG > CP000730/629539‑629825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |