Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,087 A→G 27.1% C155C (TGT→TGC)  tpn ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,0870AG27.1% 50.8 / 28.7 48C155C (TGT→TGC) tpnIS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (22/13);  new base G (9/4);  total (31/17)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01

GAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCT  >  CP000730/35957‑36216
                                                                                                                                   |                                                                                                                                 
gagCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtt                                                                                                                         >  1:169548/1‑141 (MQ=40)
  gCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGACAGgttta                                                                                                                       >  2:432182/1‑141 (MQ=255)
        aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                 >  1:250608/1‑141 (MQ=39)
        aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                 >  2:200688/1‑141 (MQ=40)
        aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                 >  1:152715/1‑141 (MQ=40)
          aCATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTaaa                                                                                                               >  1:84554/1‑141 (MQ=40)
           cATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTGTAGGTTTaaaa                                                                                                              >  1:374127/1‑141 (MQ=255)
           cATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTaaaa                                                                                                              >  2:454004/1‑141 (MQ=255)
             ctCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGc                                                                                                            >  2:434330/2‑141 (MQ=255)
                  tACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTaa                                                                                                       >  1:176123/1‑141 (MQ=255)
                   aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                      <  1:370651/141‑1 (MQ=255)
                       tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTTCt                                                                                                  >  2:393107/1‑141 (MQ=255)
                       tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                  >  2:223389/1‑141 (MQ=255)
                               aTTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGCTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAGCCAt                                                                                          >  1:173622/1‑141 (MQ=255)
                                  cTTTGCCGGATTGATAACTTTG‑TACCGGGTCCTTCTTACTGTAATATGACGGTGATCCTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                       <  1:123990/141‑1 (MQ=11)
                                       cTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCt                                                                                  <  2:287212/141‑1 (MQ=40)
                                                  aCTTTGATCTCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTCTCGCCGTTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                        <  2:446403/141‑1 (MQ=14)
                                                  aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                        >  1:394022/1‑141 (MQ=255)
                                                     ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAGTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                     >  2:293167/1‑141 (MQ=255)
                                                       gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACTGTGACCTTGCCCAATATCGTATGGGAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                   <  1:104646/141‑1 (MQ=11)
                                                       gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                   >  1:361280/1‑141 (MQ=38)
                                                            cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                              >  2:201001/1‑141 (MQ=39)
                                                             ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGCCTGctctt                                                             >  1:460494/1‑140 (MQ=255)
                                                                               tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTCTGTTGAAGGTGCCTGATCGGTAATTACCTTTTGAGGtt                                           >  2:83435/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                        <  1:393541/141‑1 (MQ=35)
                                                                                     ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                     >  1:66623/1‑141 (MQ=17)
                                                                                      gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                    <  1:169690/141‑1 (MQ=32)
                                                                                        tatctgtcTCGATGAGGTTATTCAGATAATTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                  <  2:415335/134‑1 (MQ=11)
                                                                                          tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                >  1:304469/1‑141 (MQ=32)
                                                                                            ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                              >  1:231761/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTat                            >  1:438116/1‑140 (MQ=12)
                                                                                              gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                            >  1:438068/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATg                          <  1:220065/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                 cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                         <  2:426989/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                      aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                    <  2:431134/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                      aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                    <  2:176123/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                        gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                  >  1:268284/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                 <  2:377697/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                          tATTTAGATAGTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                <  1:244460/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                <  2:171419/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                              cAGATATTTCGATTTACAAGGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTATTTATTTTAGCCACTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGACCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa            <  1:285979/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTCACAATTGCTACATTAGTTAAAGGTGCCTGATTTGTAATATCCTATTGAGGTTTACCAAATTGTCTAATGAGACGTTTGTTAAACg          >  2:12044/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                  tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCACATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa        >  2:214765/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                   agttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat       <  2:374127/139‑1 (MQ=17)
                                                                                                                       cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAAGTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAACAGCATATGc   >  2:52349/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                        gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCCTATGCt  >  1:348516/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                        gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt  >  1:413688/1‑141 (MQ=32)
                                                                                                                        gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt  >  1:348159/1‑141 (MQ=32)
                                                                                                                                   |                                                                                                                                 
GAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCT  >  CP000730/35957‑36216

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑