| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,717,160 | C→A | 11.1% | intergenic (‑174/+152) | kipI ← / ← greA | possible allophanate hydrolase subunit 1/elongation factor GreA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,717,160 | 0 | C | A | 11.1% | 87.8 / 3.2 | 36 | intergenic (‑174/+152) | kipI/greA | possible allophanate hydrolase subunit 1/elongation factor GreA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/15); new base A (2/2); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
TTGAATACCTTTTCATTGTATCATTGAGAAGCACAAGTTGTTTAATAAGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATCGCGCAATTAAATAATC > CP000730/1717021‑1717300 | ttGAATACCTTTTCATTGTATCATTGAGAAGCACAAGTTGTTTAATAAGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAAca > 1:386074/1‑140 (MQ=255) tACCTTTTCATTGTATCATTGAGAAGCACAAGTTGTTTAATAAGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTac > 2:438278/1‑141 (MQ=255) ccTTTTCATTGTATCATTGAGAAGCACAAGTTGTGTAATAAGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAATTAATATAGTAACTCTTactc > 2:304282/1‑139 (MQ=255) ttttCATTGTATCATTCAGGAGCGCAAGTTGTTTAATATGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTa > 1:257617/1‑141 (MQ=255) 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1:215392/1‑141 (MQ=255) aaTCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTACTTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGCAAATTTTTACTtctc > 2:63272/1‑141 (MQ=255) aTCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTct > 1:127581/1‑140 (MQ=255) gCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCt > 2:147220/1‑141 (MQ=255) tACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATCTTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAACATTTTTACTTTTCATCTGTc > 1:241533/1‑141 (MQ=255) tCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGaa > 1:460303/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAac < 2:215392/141‑1 (MQ=255) aaTGGAGTAGTTAATATTGTAAATCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACt < 1:74301/141‑1 (MQ=255) aaTGGAGTAGTTAATATTGTAAATCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACt < 1:74131/141‑1 (MQ=255) aTGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACCAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACtt < 1:439765/141‑1 (MQ=255) tGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTc > 2:141503/1‑141 (MQ=255) agtTAATTTTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCTGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATcgc < 2:351811/141‑1 (MQ=255) agtTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATcgc < 1:159232/141‑1 (MQ=255) tAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATCGCGCa < 1:230002/141‑1 (MQ=255) gTAACTCTTAACCAAATCTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATCGCGCAATTAaat > 2:213268/1‑141 (MQ=255) aaCTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATCGCGCAATTAaataa > 2:450431/1‑141 (MQ=255) ctctTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATCGCGAAATTAaatcatt > 2:113239/1‑140 (MQ=255) | TTGAATACCTTTTCATTGTATCATTGAGAAGCACAAGTTGTTTAATAAGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATGATAATCAATTTGTTTTCTCGGAAATATTTTGCTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGTAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCATTCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAGCACGACCGAAGTATCATTAACACACTTCAATCGCGCAATTAAATAATC > CP000730/1717021‑1717300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |