| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,258,419 | 1 | .→G | 1.2% | 1.8 0.0 ‑0.1 | 169 | coding (678/1380 nt) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (102/65): total (103/66) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.88e-01 | ||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGCGATCACCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTATCGCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTACCGCCTATGCGCTGGATGGTTTTGCCTACGCGGTTGAAGCGCACTCCGGTCAGGCATACGGTGCGCGCGACGGTAGCCAG > NC_000913/4258120‑4258713 ccGATTATGGATCTGGCGCGGCATATTTGTGGCGGTAGTTAGGCAGTCCTTGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATgg < 1:420054/301‑1 (MQ=255)ccGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGGTGGCGAATCTGGTATGACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATgg < 2:742092/301‑1 (MQ=255)ccGATGATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATgg < 2:302857/301‑1 (MQ=255) aTTATCGATTGGGTGCTGTCTATTGTTGGCTGTAGTGAGGCGGTCCTGGAACTGGCGGGGCGCTTTCTTGTAATCCGCTGGTTACGCGCCCCTGCGTCGTTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGTTTACTCGGCGTTCAATATGCCGTTGCGCCAGTAGTTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCATCATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTg < 1:183561/300‑1 (MQ=255) aTCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAAt > 2:396821/1‑301 (MQ=255) gCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGGATATGCCACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGCTGCGTAAACTCCTCAAACTa > 1:714704/1‑301 (MQ=255) gCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTa > 2:170748/1‑301 (MQ=255) gCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAAGTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCACCATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGGGCGGCGCTGGCGACGGTTTGTGC‑GGAATGTTCAACATTGCTGATTGGTCGGCTAATAGTGCGTAACATCCTCACAc > 1:791997/1‑299 (MQ=255) ggCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAAttt > 2:217244/1‑301 (MQ=255) gTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGTGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGAAGGGCGCGGCGCTGGCGGCGGGTATTGC‑GGCATATGCAATCTTGCTTATTGGTGTGCTACTGTTTGGGAAAGTCCTCAAAcacctgtgaatttcggg > 1:194942/1‑285 (MQ=255) gTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCgg > 2:763969/1‑301 (MQ=255) gTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCgg > 2:319750/1‑301 (MQ=255) tAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGCGCAATATGCCCGTTCGCCACTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGGGGCGCTGGCGACGGGTCTTGT‑GGAATATGAACCATTTCTGATTGGTCTGCTAAGTGTGTGTaccttcctatacacaagccgtatttcctgg > 1:772148/1‑272 (MQ=255) aGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAAt > 2:869561/1‑301 (MQ=255) gTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCGATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGa > 2:820524/1‑301 (MQ=255) tCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGCACGTGCAGGGCGCGGCGCTGTCGACTGTTATTGC‑TGAATATGCCACATTGATGATTGGTCTGCTAATGTTGCGTAAAATCCCCAAACTACCGGGGATTTCCTGCGAAATGCtaca > 1:524070/1‑298 (MQ=255) 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aTCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGtt > 1:453020/1‑300 (MQ=255) ggTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCATCATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGTAAACTTCCGTCGCTTGATGGCGCTTAACCGCGATACCATGCTGCGTTCg > 1:903023/1‑298 (MQ=255) ggTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGCTATCGTGCTTCGTTCGCtt > 1:853727/1‑300 (MQ=255) 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gCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGCGATCACCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTATCGCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTACCGCCTATGCGCTGGATGGTTTTGCCTACGCGGTTGAAGCGCACTCCGGTCAGGCATACGGTGCGCGCGACGGTAGCCAg > 2:122790/1‑301 (MQ=255) gCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCCTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGCGATCACCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTATCGCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTACCGCCTATGCGCTGGATGGTTTTGCCTACGCGGTTGAAGCGCACTCCGGTCAGGCATACGGTGCGCGCGCCGGTAGCCAg > 2:649277/1‑301 (MQ=255) CCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGCTGGCGACGGTTATTGC‑GGAATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGCGATCACCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTATCGCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTACCGCCTATGCGCTGGATGGTTTTGCCTACGCGGTTGAAGCGCACTCCGGTCAGGCATACGGTGCGCGCGACGGTAGCCAG > NC_000913/4258120‑4258713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |