| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,181,486 | 1 | .→C | 1.3% | 1.5 0.0 ‑0.6 | 156 | coding (242/4029 nt) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (79/75): total (80/76) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.67e-01 | ||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTACATGGGCGAAATTCCGCTCATGACAGACAACGGTACCTTTGTTATCAACGGTACTGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTGCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACAAAGGTAAAACCCACTCTTCGGGTAAAGTGCTGTATAACGCGCGTATCATCCCTTACCG > NC_000913/4181186‑4181783 | gCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCCATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGa > 2:617874/1‑301 (MQ=255)gCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGa > 1:597429/1‑301 (MQ=255) tCCGATCAATGTAAAGTTGGGTTGAATTGTGAGCGAGCGGAGGCACCCTATTGTTTACTCATATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGGTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATCCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGaa < 2:323265/301‑1 (MQ=255) ggACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCCATCCGTCCGCTACCGCCTTGGCGACCCGGTGTTTGC‑CGTCCAGTACGTTCAAATc > 2:701716/1‑300 (MQ=255) ggACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCCGCTCCCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAATGTCAAATc > 1:641952/1‑300 (MQ=255) ggACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGATGAGGAACCCTATGGTTTACTACTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCATATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTAAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTCTGGTCTGCAAGCTGATTTCCATTACGTGTTCCCGATTATGCGCTATAGCGGTAATTCACAGCTGCAATAAGTCACATAACGCCTTGGCGAACCGGTGTTTCA‑CTCCCAGGGAtttatagac > 1:416664/1‑292 (MQ=255) gACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGGACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCCCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTGCGTTCGGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGCGCTGCAATACGTCGGCTCCCGCCTGAGCGCACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGCATGTCCAATCCg > 1:134440/1‑301 (MQ=255) 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aCCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGCAATTTATCGAGCTAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCTGATTAAGCGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATAAGTCGGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGACTGTTAAATCCAGGGCTAGACCtgtctcaaaccgccacgcgtcaa > 2:316644/1‑279 (MQ=255) aCCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCTAGATCCTGACGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAATGTCAACTCCGTGGCTGGCCCATTTCCGCCCCACCGCGCGttca > 2:678223/1‑299 (MQ=255) cccTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAACTTTATAGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAGTGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTaaa > 1:584323/1‑301 (MQ=255) cccTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTaaa > 1:323624/1‑301 (MQ=255) tACTCCAATACCAATAAAATAAGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAAAGTCAACACTGTATGGATGTACATTAGCTCCTTGATATCCAGCTGTACTCGTTTCAGAAATTTAGCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTGGTGAAGCTGCGGTCCGTGCCGTATCCCCGATTTAGAGCGACAGCGGTAATGCCGAGCTGAAATACGTCAGCCACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑TGGCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTgg < 1:559885/301‑1 (MQ=255) aCTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCTTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCATTATGGGCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCAGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGt < 1:192987/301‑1 (MQ=255) 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cTACCGCCTGGGCGAAGCGGGGTTTTA‑CGTCCAGGGATGTCAAACCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGGTAAACTGCGTCTGGTGATCGATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGAACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTACATGGGAGAAATTCCGCTCATGACAGACAACGGTACCTTTGTTATCAACGGTACTGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTGCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACAAAGGTAAAACCCACTCTTCGGGTAAAGTGCTGtat < 2:783636/301‑1 (MQ=255) tACCGCCTGGGTGAAACGGTGTTTGA‑CGTCTAGGACAGTCAAATCTGTGGCGTGACCTATTCCGCACCTCTGCGCGTTAAAATGCGTCTGGTGATCTATGGTCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTACATGGGCGAAATTCCGCTCATGACAGACAACGGTACCTTTGTTATCAACGGTACTGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTGCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACAAAGGTAAAACCCACTCTTCGGGTAAAGTGCTGtat < 2:357475/300‑1 (MQ=255) cGCCTGGGCGAACCGTGGTTTGA‑CGTACATGAATGTTAAATCCTTGGCTTGACCTATGCCGTAACGCTGCGCGGTAAACTGCGTCGTGTGATCTACTAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTACATGGGCGAAATTCCGCTCATGATAGACAACGGTACCTTTGTTATCAACGGTACGGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTTCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACAAAGGTAAAACCCACTCTTCGGGTAAAGTGCTGTATAAcg < 1:966825/301‑1 (MQ=255) cGCCTGGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAATGTCAAATCCGGGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTACATGGGCGAAATTCCGCTCATGACAGACAACGGTACCTTTGTTATCAACGGTACTGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTGCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACAAAGGTAAAACCCACTCTTCGGGTAAAGTGCTGTATAAcg < 1:958018/301‑1 (MQ=255) cccTTGGTGAACCGGTGTTTGA‑CGGCCAGGAATGTCAATTCCGTGTCGGTACAGAAGCCGCACCGCTGAGCGTTAAACCGCGTCTGGTTACCTATTAGCGCGAAGCGCAGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTACATGGGCGAAATTCCGCTCATGACAGACAACGGTACCTTTGTGATCAACGGTACTGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTGCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACAAAGGTAAAACCCACTCTTCGGTTAAAGTGCTGTATAAcgc < 2:46148/300‑1 (MQ=255) ttGA‑CGTTCAGGAATGTCAAATCCGGTTCCTCTCCTATCCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTTATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGATCAAGAAGTCTACATGGGCGAAATTCCGCGCATGACAGACAACGGTACCGTTGGTATCAACGGTACTGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTGCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACACAGGTAAAACCCACTCTTCGGGTAAAGTGCTGTATAACGCGCGTATCATCCCTTACCg < 1:235002/301‑1 (MQ=255) | GCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCTACAGCGGTAATTCCGAGCTGCAATACGTCAGCTACCGCCTTGGCGAACCGGTGTTTGA‑CGTCCAGGAATGTCAAATCCGTGGCGTGACCTATTCCGCACCGCTGCGCGTTAAACTGCGTCTGGTGATCTATGAGCGCGAAGCGCCGGAAGGCACCGTAAAAGACATTAAAGAACAAGAAGTCTACATGGGCGAAATTCCGCTCATGACAGACAACGGTACCTTTGTTATCAACGGTACTGAGCGTGTTATCGTTTCCCAGCTGCACCGTAGTCCGGGCGTCTTCTTTGACTCCGACAAAGGTAAAACCCACTCTTCGGGTAAAGTGCTGTATAACGCGCGTATCATCCCTTACCG > NC_000913/4181186‑4181783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |