Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,387,993 | 1 | .→C | 1.1% | 1.3 0.0 ‑0.1 | 176 | coding (434/717 nt) | yfbN | uncharacterized protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (92/82): total (93/83) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.77e-01 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
ATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCATCCTCTGTAATCTCGTGAAAATTTTCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCATGCCATTCATAAACCAGCATAAATGTTTGTAAAACTGGCGGTAATAATTGGATATCTGCAAAACCAAACCAAAACTTACGCTTGAGATCCCACTCATATTCAATCGCCAATGCTATATTGTTTAAGGCATCTCCGGCATCCTTATT‑TTTACGCAAAATCAATTCCGTCAGTGTATAGCGTTGTTCATCAATACGCCGAAGAGCTTCTGCAATATCATAGTTTGTAGCCAACAAAACATTCTCTGCTTCCTGATGAGTGACGTCTGCTTTTGCCGTCAATAT > NC_000913/2387694‑2388291 | ttttATAACTCGTTTCTGTTAGGGCCACAGCGTAAAACAGTAATATTGTCTTGCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTTCTGATAGTTGTTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCAACCTCTGTAATCTCGTGAAAATTTTCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTT‑CCCAACCAACATAtt < 2:387850/301‑1 (MQ=255) ttATAACTTGTGTCTGTGAGTGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCATCCTCTGTAATCTCGTGAAAAGTTTCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCa < 2:588956/301‑1 (MQ=255) taACTCTTTTATGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATAGTGTCTTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCATCCTCTGTAGTCTCGTGAAAATTGTCGGCCTTGTCTTTGAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCATGc < 2:305255/301‑1 (MQ=255) cGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCATCCTCTGTAATCTCGTGAAAATTTTCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATTCCACAACCCATTCCTT‑ACCAACCAACATATTCATGcactt > 1:147625/1‑296 (MQ=255) 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cAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCAGCCTCTGTAATCTCGTGAAAATTTGCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATGCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTG‑CCCTACCAACATATTCATGCCATTCATAAACCAGCATAAATGTTTGTAAAACTGGCGGTAATAATTGGat < 1:155102/294‑1 (MQ=255) gTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCATCCTCTGTAATCTCGTGAAAATTTTCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCATGCCATTCATAAACCAGCATACATGTTTATAAAACTGGCGGCAATAATTGGATAACTGAaaa > 2:295988/1‑301 (MQ=255) atatAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCATCCTCTGTAATCTCGTGAAAATTTTCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCATGCCATTCAt < 2:892938/246‑1 (MQ=255) 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cccATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCAAGCCATTCATAAACCAGCATAAATGTTTGTAAAACTGGCGGTAATAATTGGATATCTGCAAAACCAAACCAAAACTTACGCTTGAGATCCCACTCATATTCAATCGCAAATGCTATATTGTTTAAGGCATCTCCGGCATCCTTATG‑TTTACGCAAAATCAATTCCGTCAGTGTATAGCGTTGTTCATCAATACGCCGAAGAGCTTCTGCAATATCATAGTTTGTAGCCAACAAAACATTCTCTGCTTCCTGATGAGTGACGTCTGCTTTTGCCg < 2:982022/300‑1 (MQ=255) ccATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCATGCCATTCATAAACCAGCATAAATGTTTGTAAAACTGGCGGTAATAATTGGATATCTGCAAAACCAAACCAAAACTTACGCTTGAGATCCCACTCATATTCAATCGCCAATGCTATATTGTTTAAGGCATCTCCGGCATCCTTATT‑TTTACGCAACATCAATTCCGTCAGTGTATAGCGTTGTTCATCAATACGCCGAAGAGCTTCTGCAATATCATAGTTTGTAGCCAACAAAACATTCTCTGCTTCCTGATGAGTGACGTCTGCTTTTGCCGt > 1:714436/1‑301 (MQ=255) ctt‑ccCAACCAACATATTCATGCCATTCATAAACCAGCATAAATGTTTGTAAAACTGGCGGTAATAATTGGATATCTGCAAAACCAAACCAAAACTTACGCTTGAGATCCCACTCATATTCAATCGCCAATGCTATATTGTTTAAGGCATCTCCGGCATCCTTATT‑TTTACGCAAAATCAATTCCGTCAGTGTATAGCGTTGTTCATCAATACGCCGAAGAGCTTCTGCAATATCATAGTTTGTAGCCAACAAAACATTCTCAGCTTCCTGATGAGTGACGTCTGCTTTTGCCGTTAatat < 1:423289/301‑1 (MQ=255) | ATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTTGGTCACAATGTATTATAAGCATTTTGAATATGTCATCCTCTGTAATCTCGTGAAAATTTTCGGCCTTGTCTTTTAGCTCATCATATCGGATTCTTGCAGTAACCATTTTTTGGGCGAGTTCTAATAACCCCAAAGCTTGCAATTGCTGGTGAGTATGATCACTTTCAAAAAATATCCCACACTCCATTCCTT‑CCCAACCAACATATTCATGCCATTCATAAACCAGCATAAATGTTTGTAAAACTGGCGGTAATAATTGGATATCTGCAAAACCAAACCAAAACTTACGCTTGAGATCCCACTCATATTCAATCGCCAATGCTATATTGTTTAAGGCATCTCCGGCATCCTTATT‑TTTACGCAAAATCAATTCCGTCAGTGTATAGCGTTGTTCATCAATACGCCGAAGAGCTTCTGCAATATCATAGTTTGTAGCCAACAAAACATTCTCTGCTTCCTGATGAGTGACGTCTGCTTTTGCCGTCAATAT > NC_000913/2387694‑2388291 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |