| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,440,065 | G→A | 12.6% | P322L (CCA→CTA) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,440,065 | 0 | G→A | 12.6% | 25.3 0.0 0.0 | 127 | P322L (CCA→CTA) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/9): ref base (44/64): total (53/74) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GATCTCGTTATCACGAGTACGGGCGAATGCCAGACGACGATTAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCG‑GTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAAT > NC_000913/3439775‑3440363 | gATCTCGTTATCACGAGTACGGGCGAATGCCAGACGACGATTAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGCCCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTACCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCG‑GTGGCCCGtttt > 1:525859/1‑300 (MQ=255) 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ggTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCG‑GTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGa > 1:108764/1‑301 (MQ=255) cGATGCGTGCCG‑GTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAgt < 2:267409/299‑1 (MQ=255) tGGCAAGGTGTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTGCAAGGGAAGCCAGAAATTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTGTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCGCAACCTCGGTACGCTTTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGTTTCTGCTCTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAAt < 1:887190/300‑1 (MQ=255) | GATCTCGTTATCACGAGTACGGGCGAATGCCAGACGACGATTAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCG‑GTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAAT > NC_000913/3439775‑3440363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |