Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,311,197 | G→T | 17.9% | E37* (GAA→TAA) | tonB → | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 1,311,197 | 0 | G→T | 17.9% | 4.5 ‑3.4 ‑0.0 | 66 | E37* (GAA→TAA) | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (12/2): ref base (27/24): total (39/27) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.30e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.92e-01 |
TTTGAAAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCG‑GGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTA‑AGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATCAAGTA > NC_000913/1310906‑1311497 | tttGAAAGGGAGAAGATATGAAACGGAAAGATGATGTCGTTGGTAAGGCCAGGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCGGATCGTCTGGCCTGATGGAATATGATTGCTATTGGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACGTCAATGACCCTTGATTGACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCG‑GGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTAcctg < 1:668726/301‑1 (MQ=255) 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gCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCCTTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTA‑AGCCAAAACCGAAGCCGGGGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAACCCCGTAGAGTAGCATCCGGCCAGCCCGTTTGaacca > 1:180145/1‑298 (MQ=255) gCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGCAGCCGAAACCTA‑AGCAAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACCGGAGCAGCCAAAACGCAATGTCAAACCCGTCAACTCGCGTACGGCAACACACTTTgccaat > 1:801379/1‑296 (MQ=255) gCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTA‑AGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGCGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCCCCGTTTGAAAAt > 1:834290/1‑301 (MQ=255) gCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGGGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGCAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTA‑AGCCAAAACCGAAGCCGGGGAAAAAGGTCAAGGGGCAGGCAAAACAGGATGTCAACCCCGTAGAGCCGCCGTCGGCCTCCCCGTTTGaaaaa > 1:900963/1‑300 (MQ=255) gCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGAGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTA‑AGCCACAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGAAGCCAAAACGCGCTGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATACACGTGTGaaaaa > 2:140858/1‑300 (MQ=255) ctATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTA‑AGCCAAAACCGAAGCCGGGGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGGCAAACCCGGACAGTCGCGTACGGCCCCCCCGGTTGaaacaaag > 2:18122/1‑296 (MQ=255) 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TTTGAAAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCG‑GGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTA‑AGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATCAAGTA > NC_000913/1310906‑1311497 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |