Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,641,702 | 1 | .→G | 1.1% | 1.6 0.0 ‑0.4 | 187 | coding (103/1119 nt) | ispG | 1‑hydroxy‑2‑methyl‑2‑(E)‑butenyl 4‑diphosphate synthase |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (88/97): total (89/98) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.68e-01 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TACGGATCGGAATGTTTTTATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATCGCCAATCGGCACATTCCCAACGTAAATACGTGTTGATTTTCTACGTTGAATTGGAGCCTGGTTATGCATGAAAAATCTCCCGCGTTACCCGTCTGTTACTGCGCCGGTGATTGTTCGGCATTGAGGGTCAGACGCGCAACCTGGTTAGTTCTGATAAAACGACTCAGATCGACAGGTTTCCCTTGATACTGGATCTGTACTGCGGCTGGCGCACCAATTTTCAGTTTGTACGGTGCCTGGCCGGTTAAGTTCAAATTACCGT > NC_000913/2641405‑2641997 gATCGGAATGTTTTTATCGCGCGCACTGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGCTGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGCTGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGCTATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTGGATTTGATTGACCGTTGCCTCCACGTCTGTCGTCATC‑GTCTTGGTCATg > 1:203905/1‑301 (MQ=255) 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cGGAATGTTTTTATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGAc < 2:448131/301‑1 (MQ=255) cGGAATGTTTTTATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGCCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGAc < 1:198094/301‑1 (MQ=255) cGGAATGTTTGTATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTAAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGAc < 1:375379/301‑1 (MQ=255) tGTTTTTATCGCGCGAACAGTCAACCACCATGCGACTACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTAc < 2:1125535/301‑1 (MQ=255) gTTTTTATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATCCGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGCATGTCAGCCACCAGCGGCCCGTTAAACTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCCGCCGCGTCCATCGTCCGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCCCCTTGATTTTATTGACCGTTGCTTCGCCTGCCGTCGTCCGC‑CTATTGGTTGTGGCATGTACg > 1:948506/1‑301 (MQ=255) gTTTTTATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTCTTGGTCATGGAc > 2:748461/1‑295 (MQ=255) 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ttttAGCGCGGTCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAAGGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGc < 1:575030/301‑1 (MQ=255) tgttacgcgctCACAGTCAACCACCATGCTAATACGCTCTTCATTACCGATAGTCCCAGTGTTACTACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACGTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGAGGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCGGCTGTTTGATGAGTGTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCg < 1:180190/296‑1 (MQ=255) ttATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGTTTAATACGCAGACAATCGACGGCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACTGATACACGGACGATATCAGCGCCCACGCGTTCCATCGCGTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGa < 2:757147/301‑1 (MQ=255) ttATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCGATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGa < 2:158039/301‑1 (MQ=255) cgcgcgCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATggg < 1:328348/301‑1 (MQ=255) cgcgcgCACAGTCAACCACCAGGCGAATACGCTCTTCATGACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATggg < 1:903831/301‑1 (MQ=255) cgcgcACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAg > 2:128777/1‑301 (MQ=255) caGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTg > 2:366472/1‑270 (MQ=255) gTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCTTTATTCCCAGTCTTACTACTCATACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCCATGCGATAGTCGAAGTGGATTTCATCCACCATCGGCTCGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCTTCCATCGTCGGTACGTATCCACGGACGCTATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTTACCGTTTCTTCTACGTCTGTCTTACGC‑GTATTGGTCTTgttcctttctcttctccccctctccta > 2:733328/1‑274 (MQ=255) gTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCTTACGC‑GTATTGGTCCTTGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATc > 1:142166/1‑300 (MQ=255) gTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATc > 2:896598/1‑300 (MQ=255) gTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATCg > 2:587707/1‑301 (MQ=255) 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gTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATCGCCAATCGGCACATTCCCAACGTAAATACGTGTTGATTTTCTACGTTGAATTGGAGCCTGGTTATGCATGAAAAATCTCCCGCGTTACCCGTCTGTTACTGCGCCGGTGATTGTTCGGCATTGAGGGTCAGACGCGCACCCTGGTTAGTTCTGATAAAACGACTCAGATCGACAGGTTTCCCTTGATACTGGATCTGTAATGCGGCTGTCGCCCCAATTTTCAGTTTGTACGGTGCCTGGCCGGTTAAGTTcca > 1:919977/1‑299 (MQ=255) gTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATCGCCAATCGGCACATTCCCAACGTAAATACGTGTTGATTTTCTACGTTGAATTGGAGCCTGGTTATGCATGAAAAATCTCCCGCGTTACCCGTCTGTTACTGCGCCGGTGATTGTTCGGCATTGAGGGTCAGACGCGCAACCTGGTTAGTTCTGATAAAACGACTCAGATCGACAGGTTTCCCTTGATACTGGATCTGTACTGCGGCTGTCGCACCAATTTTCAGTTTGTACGGTGCCTGGCCGGTTAAGTTCaa > 1:338133/1‑301 (MQ=255) gTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATCGCCAATCGGCACATTCCCAACGTAAATACGTGTTGATTTTCTACGTTGAATTGGAGCCTGGTTATGCATGAAAAATCTCCCGCGTTACCCGTCTGTTACTGCGCCGGTGATTGTTCGGCATTGAGGGTCAGACGCGCAACCTGGTTAGTTCTGATAAAACGACTCAGATCGACAGGGTTCCCTTGATACTGGa > 1:888822/1‑240 (MQ=255) TACGGATCGGAATGTTTTTATCGCGCGCACAGTCAACCACCATGCGAATACGCTCTTCATTACCGATATTGCCAGGGTTAATACGCAGACAATCGACGCCGTATTCCGCTACTTTCAGCGCAATGCGATAGTCGAAGTGGATGTCAGCCACCAGCGGCACGTTAACCTGCTGTTTGATGAGTTTGAACGCTTCTGCCGCGTCCATCGTCGGTACGGATACACGGACGATATCAGCGCCAACGCGTTCCAGCGCCTTGATTTGATTGACCGTTGCTTCGACGTCTGTCGTACGC‑GTATTGGTCATGGACTGTACGGCGATGGGAGCACCATCGCCAATCGGCACATTCCCAACGTAAATACGTGTTGATTTTCTACGTTGAATTGGAGCCTGGTTATGCATGAAAAATCTCCCGCGTTACCCGTCTGTTACTGCGCCGGTGATTGTTCGGCATTGAGGGTCAGACGCGCAACCTGGTTAGTTCTGATAAAACGACTCAGATCGACAGGTTTCCCTTGATACTGGATCTGTACTGCGGCTGGCGCACCAATTTTCAGTTTGTACGGTGCCTGGCCGGTTAAGTTCAAATTACCGT > NC_000913/2641405‑2641997 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |