Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,174,249 | 1 | .→A | 1.0% | 0.3 0.0 ‑0.0 | 192 | coding (778/951 nt) | coaA | pantothenate kinase |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (96/94): total (97/95) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GGAATAGACAAACAGGGGGCTTTATTACTTGAGCAGGATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACAAAATCAGAAACAAATACATGATGTGGATCGTGTGGATAATCCATCCCGCTCTGTAAGACATTTAACCCTTCAAGAATTAAAATATCAGGCTGAACAACCGTTTTATCTCCATCCGGGATCACATCATAAATAAGATGTGAGTAAACAGGTGCTGTAACGTTTGGCACGCCGGATTTGAGATCGGAAA > NC_000913/4173952‑4174548 | aagaTAGACAAACAGGGGGCTTTATTACTTGAGCAGGATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑aaa < 1:1081151/298‑1 (MQ=255) gAATAGACAAACAGGGGGCTTTATTACTTGAGCAGGATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTCAGTTCAGCCAGTTGATCTATTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑aaaa > 1:396464/1‑301 (MQ=255) gAATAGACAAACAGGGGGCTTTATTACTTGAGCAGGATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑aaaa > 1:224730/1‑301 (MQ=255) gAATAGACAAACAGGGGGCTTTATTACTTGAGCAGGATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑aaa < 2:288820/300‑1 (MQ=255) 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taCTTGAGCAGGATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGc > 2:169558/1‑300 (MQ=255) ggATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCggg > 2:504902/1‑300 (MQ=255) gAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAAttt > 2:308650/1‑300 (MQ=255) aataaAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGaa > 2:602585/1‑301 (MQ=255) ataaAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGaaa > 2:979032/1‑301 (MQ=255) ataaAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCATTCGCGGAATTTCAGaaa > 1:1094285/1‑301 (MQ=255) gggCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCTTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATAc > 1:1114088/1‑300 (MQ=255) gggCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATAc < 2:243432/300‑1 (MQ=255) gTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGaa < 2:694436/281‑1 (MQ=255) 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tatCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGaagt < 1:1034619/301‑1 (MQ=255) aatCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGaagt < 2:608867/300‑1 (MQ=255) gTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAACCGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTc > 1:520566/1‑300 (MQ=255) 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aaTAAGAAAGTGGAGTATTCGCTCTCCTGCAAATTATTTGCGGAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCGTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACa < 2:936431/301‑1 (MQ=255) aaTAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACa < 2:826088/301‑1 (MQ=255) aTAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCACCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACat < 1:1007331/301‑1 (MQ=255) aGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTACTTTCGCGTAGTTATT‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTGCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTTCATCAACatata > 1:1115284/1‑301 (MQ=255) aaaaGGGGAGTAGTAGCTCCCCTGCAAATGATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGAGTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACatatat < 1:612450/300‑1 (MQ=255) cTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACaaaa > 2:967799/1‑301 (MQ=255) ccccTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACAAAAt > 1:693482/1‑300 (MQ=255) ccTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑CAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATCTCGAACAATCGACCAAATCAg > 2:168225/1‑301 (MQ=255) gCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACAAAATCAGaaa > 2:474550/1‑301 (MQ=255) 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gTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACAAAATCAGAAACAAATACATGATGTGGATCGTGTGGATAATCCATCCCGCTCTGTAAGACATTTAACCCTTAAAGAATTAAAATATCAGGGTGAACAACCGTTTTATCTCCATCCGGGATCACATCATAAATAAGATGTGAGTAAACAAGTGCTGTAACTTTTGGCCAGCAGTATTTGAAATCg > 1:371228/1‑301 (MQ=255) gTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACAAAATAAGAAACAAATACATGATGTGGATCGTGTGGATAGTCCATCCCGCTCTGTAAGACATTTAACCCTTCAAGAATTAAAATATCAGGCTGAACAACCGATTTATCACCCTCCGGGATCACATCATAAATAAGATGTAAGTAAACAGGTGATGTAACGTTTGGCACGCCGGATTTGAGATCg > 1:517607/1‑301 (MQ=255) g‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACAAAATCAGAAACAAATACATGATGTGGATCGTGTGGATAATCCATCCCGCTCTGTAAGACATTTAACCCTTCAAGAATTAAAATATCAGGCTGAACAACCGTTTTATCTCCATCCGGGATCACATCATAAATAAGATGTGAGTAAACAGGTGCTGTAACGTTTGGCACGCCGGATTTGAGATCGGaaa > 1:984232/1‑300 (MQ=255) | GGAATAGACAAACAGGGGGCTTTATTACTTGAGCAGGATGGAATAATAAAACCCTGGATGGGCGGTGAAATATCCCTGCGTAGTGCAGAAAAATAAGAAAGGGGAGTATTCGCTCCCCTGCAAATTATTTGCGTAGTCTGACCTCTTCTACCGCATGATTAGCACTTTTCGTCAGGATTAAACTGGCGCGCTCACGAGTAGGTAGAATATTTTGCTTTAAGTTCAGCCAGTTGATCTCTTTCCACAATGTCATGGCAGTCTTAATCGCTTCTTCTTTAGTTAATTTCGCGTAGTTATG‑AAAATAGGAATCCGGGTCGGTAAAAGCCCCTTCGCGGAATTTCAGAAAACGGTTGATATACCATGTCTGAAGTAAGTCTTCCGGTGCATCAACATATATCGAAAAATCGACAAAATCAGAAACAAATACATGATGTGGATCGTGTGGATAATCCATCCCGCTCTGTAAGACATTTAACCCTTCAAGAATTAAAATATCAGGCTGAACAACCGTTTTATCTCCATCCGGGATCACATCATAAATAAGATGTGAGTAAACAGGTGCTGTAACGTTTGGCACGCCGGATTTGAGATCGGAAA > NC_000913/4173952‑4174548 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |