Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,019,338 | 1 | .→C | 1.0% | 1.8 0.0 ‑0.3 | 194 | coding (716/1041 nt) | ompA | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (120/72): total (121/73) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.03e-01 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TCTTTGATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACG > NC_000913/1019038‑1019637 | tCTTTGATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAt > 2:563040/1‑301 (MQ=255) 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ctACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTATTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTTTACAGCTGAT‑CCAGGTG‑CGCCTGAACTTCCGGctt > 1:218440/1‑301 (MQ=255) ctACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAAAACCGATGCGGTCGGTTTACCCCAGAAAAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCCCAGCTGGCTGTACGACTGAA‑CC‑GAGCAAGCCGGACCTTCGGGttt > 2:579107/1‑301 (MQ=255) ctACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCAC‑CTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGttt > 2:639913/1‑300 (MQ=255) ctACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCAC‑CTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGttt > 2:543547/1‑300 (MQ=255) gacgaTCCGGGGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAggg < 2:203448/300‑1 (MQ=255) aTCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTg > 1:503139/1‑299 (MQ=255) 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cagcaCGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAg < 2:521313/300‑1 (MQ=255) cTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCATGTTTGCTTTGTTGAATTTGAACTGCACGTCAGACTTCata > 1:346964/1‑299 (MQ=255) gTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCagagg > 1:1022878/1‑300 (MQ=255) gTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGt > 2:481186/1‑301 (MQ=255) tCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTgg > 2:716712/1‑301 (MQ=255) tgtTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGTAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc < 2:211619/301‑1 (MQ=255) tgtTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc < 2:142091/301‑1 (MQ=255) gcagggaaCCGGGCTGGATTCGCCCATACCACCGGCGGAGACGTGTTCGGCCGTGGTACCTATGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACGTAGCACGGCGCTGGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGGGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTGCGGAGCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTGCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTc < 1:439166/294‑1 (MQ=255) gTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAg > 2:877332/1‑299 (MQ=255) 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gCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGGTCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGgaga > 1:176914/1‑301 (MQ=255) gCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGgaga > 2:103882/1‑301 (MQ=255) gAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATcgcg > 2:161360/1‑269 (MQ=255) gAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATcgcg < 1:161358/269‑1 (MQ=255) gAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCCAAGACCGGAGaaa > 2:333535/1‑300 (MQ=255) aT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGCTGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACg > 1:892533/1‑301 (MQ=255) | TCTTTGATACCTTTAACTTCGATCTCTACGCGACGATCCGGAGCCAGGCAGTCGATCAGTGCAGCACGCTGTTTCACGTTGTCACAGGTGTTGCCAGTAACCGGGTTGGATTCGCCCATACCACGTGCGGAGATCTTGTCTGCCGGGATACCTTTGGAGATCAGGTAATCAACAACAGACTGAGCACGGCGCTCGGACAGACCCTGGTTGTAAGCGTCAGAACCGATGCGGTCGGTGTAACCCAGAACAACTACGGAACCGTCTTTCGGATCCAGGTTGCTCAGCTGGCTGTACAGCTGAT‑CCAGAGC‑AGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACG > NC_000913/1019038‑1019637 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |