| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,875,529 | C→G | 14.5% | S31C (TCC→TGC) | yidX → | putative lipoprotein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,529 | 0 | C→G | 14.5% | 14.6 ‑3.1 0.0 | 96 | S31C (TCC→TGC) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (13/2): ref base (47/33): total (60/36) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.50e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
ACGTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAAT‑CGCAGTCAGACACCATCACTGGG‑CTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAA‑TCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACTACTACTGGAATAACGAAGAAGAAAAGGCA > NC_000913/3875245‑3875824 | tcGTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTAAAAACTTATATTGTTGTAATACAATTTAGATCACAAAAAGAAAAATGCATAAAAAAATGACATGCGTAGGGCAGAAATATGAAAAGGGATATCAGGAGCTAAACAGGAGAGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTGGTTTAAAGGATTAATCATGAAGGTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 2:768621/299‑1 (MQ=255) 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ACGTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAAT‑CGCAGTCAGACACCATCACTGGG‑CTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAA‑TCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACTACTACTGGAATAACGAAGAAGAAAAGGCA > NC_000913/3875245‑3875824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |