| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1643672 = | 81 (1.270) | 5 (0.080) | 5/584 | 8.2 | 6.2% | coding (633/1050 nt) | ydfU | Qin prophage; uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | 1643799 = | 71 (1.140) | coding (506/1050 nt) | ydfU | Qin prophage; uncharacterized protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
GCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTGTCAGATTTTGTTGAGCAAGCAGCTCCAGTGATTCCGATGTCTGGTCACGCAGTTGGTTGTCGCAGTGCCAGCACAACACCATTGCGCCG > NC_000913/1643375‑1643969 | gCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCGATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGc < 1:67215/300‑1 (MQ=255) cacaAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCg < 2:58773/300‑1 (MQ=255) aGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAg > 2:534879/1‑300 (MQ=255) gCAACCCAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGc < 1:534219/299‑1 (MQ=255) aaCACAAAGATATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCATGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCtctc < 1:176863/301‑1 (MQ=255) aaGAGCTCATTTGCTTTGTTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTa < 1:278293/301‑1 (MQ=255) gagaTCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACg > 2:293057/1‑301 (MQ=255) aTCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCTACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGAGTAAGGCAACGGTGCACGCTTTTTTGTGCGTTGTTTTAATTTTCTGGGTGCGGTCGGTTCTCCCGGTACGAtt > 1:453064/1‑300 (MQ=255) gCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGAATTTCTCCTTAACCCTGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAAGGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTTTCCCGGTACGATGTCGCttt > 1:130985/1‑301 (MQ=255) atctccATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGt < 1:403503/297‑1 (MQ=255) 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tGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTcc < 2:124260/300‑1 (MQ=255) cAATCGGCTGCTGCGGGTCGGCGGCTGGCATACCGCCGCGAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTgg < 1:126392/301‑1 (MQ=255) accgatgatGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTaa < 2:422842/298‑1 (MQ=255) 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tgatgCGGATCGGCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATccc < 1:231082/300‑1 (MQ=255) tgCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTTCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCGGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGAGTTCGCTTTGGCGGTCCACCGAGCGGATTTTTTCCGCGTGTAACCCCAGCg > 1:445710/1‑301 (MQ=255) ccctacccgacgctcttccgatctgcaagcaCACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGGATTACCAGCgga < 1:93033/277‑3 (MQ=255) 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GCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTGTCAGATTTTGTTGAGCAAGCAGCTCCAGTGATTCCGATGTCTGGTCACGCAGTTGGTTGTCGCAGTGCCAGCACAACACCATTGCGCCG > NC_000913/1643375‑1643969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |