| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,187,507 | A→C | N720H (AAC→CAC) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,187,507 | 0 | A | C | 96.5% | 200.3 / NA | 58 | N720H (AAC→CAC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base C (31/24); minor base T (1/1); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCGGACCAGATCATGTACACCGGCTTCGCCTATGCAGCGCGTTCTGGTGCATCTGTTGGTATCGATGACATGGTCATCCCGGAGAAGAAACACGAAATCATCTCCGAGGCAGAAGCAGAAGTTGCTGAAATTCAGGAGCAGTTCCAGTCTGGTCTGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAA > NC_000913/4187209‑4187803 | tGCGGACCATGTCATGTACACCGGCTGCGCCTATGCAGCGCGTTCTGGTGCATCTGTTGGTATCGATGACATGGTCATCCCGGAGAAGAAACACGAAATCATCTCCGAGGCAGAAGCAGAAGTTGCTGAAGTTCAGGAGCAGTTCCAGTCTGGTCTGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCCAc < 1:408446/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |