New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1570598 = | 66 (1.080) | 3 (0.050) +CCGTTACCGTTAAAC |
3/542 | 8.0 | 5.1% | intergenic (‑109/+47) | gadC/gadB | glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter/glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
? | NC_000913 | 3666176 = | 53 (0.870) | intergenic (‑366/+4) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
CCGCAGCACAAAGTCCCACGGGAATAAACCATAAAATCCCGCCTAATAGCAGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGCCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATC > NC_000913/1570303‑1570887 | cccaagcaAAAAGTCCCACAGGAAAAAACCATAAAATCCCGCCCAAAAGCAGGAAGAAGACTAAGGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTccc < 2:49914/297‑1 (MQ=255) ccACGGGAATAAACCATAAAATCCCGCCTAATAGCAGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAGGCGTATTCATAACAATATTTTCCGTTTGTAATGCCAGTGCAAAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGttt > 2:18931/1‑301 (MQ=255) cACGGGAATAAACCATAAAATCCCGCCTAATAGCAGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCATGGAACAGACTTGGGAAATTGTCTGGAAACGGGTTGGtttt > 2:278465/1‑300 (MQ=255) cACGGGAATAAACCATAAAATCCCGCCTAATAGCAGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTTAACAGATTTTGGAATTTGTCCCGAAACGGGTTGGtttt > 2:358362/1‑300 (MQ=255) ccGGAAATAAACGAAAAAATCCCGCCAAAGAGCAGGAAGAAAACTAATGAAAAGCCCGTTGTTGCGAAGTGAGGGAATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCg < 2:270745/300‑1 (MQ=255) gggAATAAACCATAAAATACCGCCTAATAGCAGGAAGAAGACTAAGGAAAAGCCCGATGTTTGGAAGGTAGAGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGAACCCGTTTCggg < 2:68860/301‑1 (MQ=255) aaagaaaCCAAAAAATCCAGCTTAAAAACAGAAAACAGCCGAAGAAAAAGCCCGGTGGTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGac < 1:4692/297‑1 (MQ=255) aaaTAAACCAGAAAATCACGCCTAATAGCAGAGAGAAGACTAATGCAAAGCCCGATTTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACCGCCATTACCATCAAAGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGAAGTAGCCATATTATCCCCCTAAATCGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGac < 2:369764/300‑1 (MQ=255) tAGCAGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCTAAACGGGTTCGTTTGGGGCCACCGTTACCGTTAAACTTTATCAgg > 1:439804/1‑301 (MQ=255) cAGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGt < 1:44637/249‑1 (MQ=255) cAGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCCGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGGGAACAGACTTTGGAAATTGt > 2:44632/1‑249 (MQ=255) aagaagaaGACTAATGAAAAGCACGATGTTGCGAAGGTATGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCTTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGCGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATg < 1:446902/299‑1 (MQ=255) aGGAAGAAGACTAATGAAAAGCCCGATGTTGCGAAGGTAGGGTATTCATAAACAGCCATTACCATCGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTTTCAgtgatg > 1:559001/1‑296 (MQ=255) 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(MQ=255) tcatctttagttgCCATATTCGCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCATCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAAAAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCgacgac < 2:270636/288‑1 (MQ=255) gCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTGCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCCACTCCACCTAAttgctat > 2:399603/1‑295 (MQ=255) atCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAATCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATAATGCGCATCACCACGa < 1:358451/301‑1 (MQ=255) 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gAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTGTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATAAAGCGCAACACCACGATGTCGGTGGCTGTACCGCCGAGGGGGGAGGCCGGacacggcacgacg > 2:104522/1‑289 (MQ=21) gCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCg < 1:28294/217‑1 (MQ=255) gCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCAGAACCGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAATCGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGAGCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTATTCTTCCATCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCg > 2:28292/1‑217 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |