| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2735442 | 57 (0.930) | 4 (0.070) | 4/556 | 7.5 | 6.4% | coding (570/981 nt) | rluD | 23S rRNA pseudouridine(1911,1915,1917) synthase |
| ? | NC_000913 | = 2735485 | 61 (1.030) | coding (527/981 nt) | rluD | 23S rRNA pseudouridine(1911,1915,1917) synthase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
ATCGGGTGATAAAGACGCAGCATGGTTGCATGTAGCGCCTGGCGGTCAAACTTACGCAGCGTGGAGATAAATGCTTCCGAAGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAAGCAACGCATTCAGTACCGTGCCATCCGGGTTACCCGCGCCAGGATGTACCACCAGGTCGCGCGGTT > NC_000913/2735143‑2735719 | aTCGGGTGATAAAGACGCAGCATGGTTGCAGGTAGCGCCTGGCGGTCAAACTTACGCAGCGTGGAGATAAATGCTTCCGAAGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGAc < 1:427900/301‑1 (MQ=255) aTAAAGACGCAGCCTGGTTGCATGTAGCGCCTGGCGGTCAAACTTACGCAGCGTGGAGATAAATGCTTCCGAAGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGc < 1:219855/301‑1 (MQ=255) tAAAGACGCAGCATGGTTGCATGTAGCGCCTGGCGGTCAAACTTACGCAGCGTGGAGATAAATGCTTCCGAAGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCt > 1:115904/1‑301 (MQ=255) aaaGACGCAGCATGGTTGCATGTAGCGCCTGGCGGTCAAACTTACGCAGCGTGGAGATAGATGCTTCCGAAGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTGCCAGACACAACCGCAGAAGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCTTGCTGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATCACCCGCCGTATGGGTACGTTTGGTTGGTTGGCTGCTGTATGGCTc > 2:564461/1‑301 (MQ=255) ggggTTGCATGTAGCGCCTGGCGGTCAAACTTACGCAGCGTGGAGAGAAATTCTTCCGACGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAACCCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGTTATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGc < 1:33207/299‑1 (MQ=255) gaggggtacaccacacggaggggggggaTAAATGCTTCCAAAGCACCTGTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTTGTATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGAc < 2:172817/275‑1 (MQ=255) gacccaacgctctgcccatctgTGGAGATAAATGCTTCCGAGGCACCTTTGGGCGGCGGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGTGTGAGATGGTCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGAc < 2:381768/280‑1 (MQ=255) 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actgaaaTGCTTCCGAAGCACCTTTTCGTCGCCGCGGACTGCCACCAGAATGCGGCTCGCCCTCCGTCGGATAAGCGATATTGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCCCACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGCCTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACg < 1:57474/297‑1 (MQ=255) aaaaaTGCTTCCGCAGCACCTTTTGGCGGCCGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCGGCGGAGTAGTGGTATGGGCCATATGCACGCGGATCTTGTGCTTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAg < 2:141372/299‑1 (MQ=255) tAAATGCTTCCGAAGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCCTACTCACGAGt > 1:425640/1‑301 (MQ=255) ccttggggggacgcggccgGCCACCATAACCCGGATCGCCCACCAGCGGAGGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGACCTGGTGGGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCaa < 2:456689/293‑1 (MQ=255) ccaccaTAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATGTGACCAATCCCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCCAAGATTCGACTAAACGCGttt > 1:481532/1‑299 (MQ=255) ccaccaTAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATAATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTTGGGTGGCGACTGCTGGACTCGTCCACCGTTCCACCTGCGGTCATTTGACCAATCGCCCCCGCTCCATACTCACGAGTAATTTCACGCCCATGGAAAGATTAACCTAAAccacgcc > 2:434360/1‑295 (MQ=255) tAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATCCTCACGAGTATTTTCACGCCGTTGCAAAGGTTCGACTAAACGCGTCGGAGCCg > 2:100129/1‑301 (MQ=255) aaaaCCGGCTCGCACACAAGCGGATGAGGGATAGGGGACATATGCAAGCGGATCGTGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCg < 1:434468/300‑1 (MQ=255) aaCCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCTGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACCCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCTGCTGAGCggg > 2:206664/1‑300 (MQ=255) 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1:9215/1‑300 (MQ=255) gatgcttttgttgtgccccGATGGTTGGCCCATCGGAGTCCCCGCCATATGGGTACGGTTGGTCGGGTGTCGACTGATTGGCCCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATTACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGGTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAAGCAACGCATTCAGTAc < 2:115881/283‑1 (MQ=255) ggaatgggggTCACCGCTGGTTGGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAAGCAACGCATTCAGTACCGTGc < 1:12150/292‑1 (MQ=255) cGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGa < 1:531782/279‑1 (MQ=255) 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cACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCTGAACTGTTTTTGCCACAACCATTAGGCCAGTGGTGTATTTATCCAGACGATGGACGATTCCCCCCTGGGGTCCATCGGCAATTGGTGGATAGTATTGAAGAAACCCATTCAGTACCGTGTCATCAggggtt > 1:225190/1‑298 (MQ=255) cACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATAGGCAATGTGTGGATAGTAATGAAGCCACGAACTCAGTACCTCGCCATCCCGGttt > 2:250810/1‑300 (MQ=255) ccGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTAACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGTCACAACCATCAGGCCAGTTGTCTCTTTAGCCAGACGATGGAAGCTGCCCGCCCGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGGCATATATCAACGCATTCAGTACCCTGCCATCCCGGTTAcc > 2:544611/1‑301 (MQ=255) cccATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTTTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAAGCAACGCATTCAGTACCGTGCCCTCCGGGTTACCCGCGCCCggcg > 1:516753/1‑299 (MQ=255) cATCGAATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTGATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGGTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTAGCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAATCAACGCATTCAGTACCGTGCCATCCGGGTTACCCGCGCCAGGATGt > 1:291743/1‑301 (MQ=255) atgatcctccATATGGGGACGTTTGGGCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCGGCGGTCATATGACCAATCGACACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAAGCAACGCATTCAGTACCGTGCCATCCGGGTTACCCGCGCCAGGATGTaccacc < 1:544741/293‑1 (MQ=255) cACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCCAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATTCCCGCACGCGGTACATCGGCAATTGGTGGCTAGTAATGCAGCAAAGCATTCAGTACCGTGCCATCCGGGTTACCCGCCCCAGGATGTACCCCCAgg > 2:236354/1‑301 (MQ=255) tGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGcc > 2:361371/1‑135 (MQ=255) tGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGcc < 1:361461/135‑1 (MQ=255) tGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTCGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAAACAACGCATTCAGTACCGTGCCATCCGGGTTACCCGCGCCAGGATGTACCACCAGGTCGCGCGGtt > 1:122494/1‑301 (MQ=255) | ATCGGGTGATAAAGACGCAGCATGGTTGCATGTAGCGCCTGGCGGTCAAACTTACGCAGCGTGGAGATAAATGCTTCCGAAGCACCTTTTGGCGGACGCGGACGGCCACCATAAACCGGATCGCCCACCAGCGGATGAGTGATATGGGCCATATGCACGCGGATCTGGTGCGTACGTCCAGTTTCCAGACGCAACCGCAGACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATGGGTGGATAGTAATGAAGCAACGCATTCAGTACCGTGCCATCCGGGTTACCCGCGCCAGGATGTACCACCAGGTCGCGCGGTT > NC_000913/2735143‑2735719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |