Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,420,157 | 1 | .→A | 1.2% | 2.0 0.0 ‑0.4 | 170 | coding (24/1182 nt) | yhdX | putative amino acid ABC transporter permease |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (82/86): total (83/87) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.08e-01 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
ATATGGCACATCTGCTGGGTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGTTTTGGGCTTCT > NC_000913/3419858‑3420455 | atatGGCACATCTGCTGGGTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGttt > 2:314639/1‑300 (MQ=255) gCACATCTGCTGGGTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAgg > 2:627892/1‑300 (MQ=255) cacaTCTGCTGGGTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGc < 2:573074/300‑1 (MQ=255) caTCTGCTGGGTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAATTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGCTc > 1:783179/1‑300 (MQ=255) tggTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTCAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGCTCACTCTCttt > 2:838459/2‑301 (MQ=255) gggTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTTCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTGTATGTCCCATCCCCGCCCAACCGGT‑AAAGGCCCACCCTCttt > 1:319285/1‑301 (MQ=255) gggTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTTAGTTAAGTCGGTGTGAGGTCACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTACGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGCTCACTCTCttt > 1:223304/1‑301 (MQ=255) 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aataataAATGAGCCTATAACAACATAAAACAGGTGAGTAACTACGCGGAAAATTTTGAGCGGAACGTAGGTTCAGAAAGCCGCATGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAAACTCTGGAAGAACGGCGGGATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTACCGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATc < 1:337832/300‑1 (MQ=255) ggCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCTAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGCTCACTCTCTTTTTCCAACCCTACGGTTCGCGACTGGTTATTCCAGATCCTTGCCgttgt > 1:521777/1‑301 (MQ=255) cTATAACATCATCAAACAGGTGGGTATCTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AACGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCCGATCCTTGCCGttgttg > 1:180990/1‑300 (MQ=255) 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ccgcTCAACCGTT‑AAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAacac > 1:754835/1‑117 (MQ=255) cAACCGTC‑AAAGGCTCACTCTCTCTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTGTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGGTTTTATTGTCGGCTTACTAAATACGCTACGGGTTTCTGCatggtgtattg > 2:707369/1‑282 (MQ=255) gTT‑AAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGGTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGCTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGAGCGATTACCAGCAGGGCGAGCCGTACGGACGTGTTTTTAGTTTCGGCTTTCGCTAACAGCAACTGGTTTGTGCATGTGGTATTGTGTTCGCTCTTGCTTGGGGctttt > 1:702144/1‑299 (MQ=255) | ATATGGCACATCTGCTGGGTAAAGAAGGCGATTACGGCAAGGATCTGAAGCTGGATAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTT‑AAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGTTTTGGGCTTCT > NC_000913/3419858‑3420455 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |