| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,919,360 | 1 | .→A | 1.2% | 2.3 0.0 ‑0.5 | 172 | coding (498/1542 nt) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, alpha subunit |
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (91/79): total (92/80) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.47e-01 | ||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CTGTTTAGACAGGTCATCGTAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACGGACTGACGTTCGATAACGCCCGGAGCGATTGCTTCTACAGCAGAGAAGCCGTCGTGATCCAGCGGACCTTTACCGTCGATTGGTGCACCCAGAGTGTTAACCACACGGCCCAGCAGGCCACGGCCAACCGGAACTTCCAGGATACGGCCAGTACACTTAACTTTCATGCCTTCGGCAAGGTCAGCGTACGGACCCATAACAACCGCACCTACAGAGTCGCG > NC_000913/3919060‑3919656 | cTGTTTAGACAGGTCATCGTAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATc < 2:880858/301‑1 (MQ=255) aGACAGGTCATCGTAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCa > 1:964568/1‑301 (MQ=255) tAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCCTACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTCCCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACAACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGGGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGa > 1:42047/1‑300 (MQ=255) tAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATAGATACCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTTACGGTCACCGATCATC‑AATTCCCGCTGACCCCGa > 1:890195/1‑300 (MQ=255) tAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACCTACCACGTTAGACATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGa > 2:403056/1‑300 (MQ=255) tAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTAACGGAAGTATTCTCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGAc < 2:177301/301‑1 (MQ=255) aaaaTGATCAGCTGATTTTCACCGCGGTCAGGGAAGGATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACAGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCTCTGGTGGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGAc < 2:368199/300‑1 (MQ=255) gATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGAtt > 2:586696/1‑301 (MQ=255) cgcATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTATAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACGTAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTGCCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGAt > 2:510085/1‑300 (MQ=255) cgcATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGa < 2:297788/299‑1 (MQ=255) 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gTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCg > 2:384675/1‑301 (MQ=255) ccATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGGTACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTAc < 2:196778/301‑1 (MQ=255) ccATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTAc < 2:259544/301‑1 (MQ=255) ccATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGGATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTAc < 2:502837/301‑1 (MQ=255) ccATTGCGCAACCGGCAGACGGTGGCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTAc < 1:785222/301‑1 (MQ=255) cgcAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACAGTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCt < 2:30665/300‑1 (MQ=255) 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ccGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACGGACTGACGTTCGATAACGCCCGGAGCGATTGCTTCTACAGCAGAGAAGCCGTCGTGATCCAGCGGACCTTTACCGTCGATTGGTGCACCCAGAGTGTTAACCACACGGCCCAGCAGGCCACGGCCAACCGGAACTTCCAGGATACGGCCAGTACACTTAACTTTCATg < 2:929228/252‑1 (MQ=255) ccGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACGGACTGACGTTCGATAACGCCCGGAGCGATTGCTTCTACAGCAGAGAAGCCGTCGTGATCCAGCGGACCTTTACCGTCGATTGGTGCACCCAGAGTGTTAACCACACGGCCCAGCAGGCCACGGCCAACCGGAACTTCCAGGATACGGCCAGTACACTTAACTTTCATGCCTTCGGCAAGGTCAGCGTACGGACCCATAACAACCGCACCTACAGAGt < 2:833909/301‑1 (MQ=255) atgacC‑AATTCACGCCGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACGGACTGACGTTCGATAACGCCCGGAGCGATTGCTTCTACAGCAGAGAAGCCGTCGTGATCCAGCGGACCTTTACCGTCGATTGGTGCACCCAGAGTGTTAACCACACGGCCCAGCAGGCCACGGCCAACCGGAACTTCCAGGATACGGCCAGTACACTTAACTTTCATGCCTTCGGCAAGGTCAGCGTACGGATCCATAACAACCGCACCTACAGAGTcg < 1:172424/300‑1 (MQ=255) | CTGTTTAGACAGGTCATCGTAAATGATCAGCGCATCTTCACCGCGGTCACGGAAGTATTCGCCCATTGCGCAACCGGCATACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATC‑AATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACGGACTGACGTTCGATAACGCCCGGAGCGATTGCTTCTACAGCAGAGAAGCCGTCGTGATCCAGCGGACCTTTACCGTCGATTGGTGCACCCAGAGTGTTAACCACACGGCCCAGCAGGCCACGGCCAACCGGAACTTCCAGGATACGGCCAGTACACTTAACTTTCATGCCTTCGGCAAGGTCAGCGTACGGACCCATAACAACCGCACCTACAGAGTCGCG > NC_000913/3919060‑3919656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |