| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,802,236 | C→A | 37.8% | D275Y (GAT→TAT) | waaO ← | UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑ alpha‑1,3‑D‑galactosyltransferase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,802,236 | 0 | C→A | 37.8% | 42.5 0.0 ‑0.6 | 37 | D275Y (GAT→TAT) | waaO | UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑ alpha‑1,3‑D‑galactosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/5): ref base (14/9): total (23/14) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.57e-01 | ||||||||||
ATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATCAATAAAAAACCGGAGTTAAAGT > NC_000913/3801952‑3802517 | aTCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCttggtt > 2:632460/1‑301 (MQ=255) cTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGccc > 2:670399/1‑172 (MQ=255) cTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGccc < 1:670366/172‑1 (MQ=255) cTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTAt < 2:869721/195‑1 (MQ=255) cTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTAt > 1:869677/1‑195 (MQ=255) cTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAatat > 1:351195/1‑267 (MQ=255) cTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGACTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAatat < 2:351201/267‑1 (MQ=255) ctCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTCATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACTCCGTATTCTTCCATGGCTAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGTCTTGTGATACAGGATAATCCCATGCCCAATCATGCTAGCGCTTGGTTGGCCCGATTTAATGGATAAAAATAGTCTCGTTGGTTACTGTGTTTATCAATCTTTCTTTGAGTTGCTAATTTAAGTTGAACTGGTTGTTACATTTAATATGAGCGAAAATAAGTTTATCGCACAGCCACATATTTAacacct > 1:7629/2‑298 (MQ=255) cTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATAATTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATATTTTGCCTCAATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCGAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTCTAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATGTTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCa > 2:903508/1‑301 (MQ=255) tttAAGCATACTTTTTGGGCTATATCTTAATTGATGGTTATTGTTCGGTTTCAGTAACACCGTATTCTTCCATGACTAAGCAGTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAAGCCCAGGCCCAACCATGCCAGTGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGCTACTGGGTTTATAAAGCTTTCATTGAGTTGATAATATAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTAATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGa < 1:903462/301‑1 (MQ=255) gTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTAtttt > 2:271189/1‑301 (MQ=255) atatCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAGGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAAt < 2:523707/150‑1 (MQ=255) atatCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAGGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAAt > 1:523693/1‑150 (MQ=255) atCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGAATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTAtttt > 2:963049/1‑300 (MQ=255) cTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCa > 2:15277/1‑301 (MQ=255) tttAAGAAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCt < 1:632440/301‑1 (MQ=255) gTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAAc > 1:765654/1‑299 (MQ=255) gTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTA‑TTTTTTGATTTATTTTTGCTCCTTTAGACATGCAATAGCCCGTTCaagaaa > 2:190962/1‑293 (MQ=255) cttcCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATaa < 1:497753/151‑1 (MQ=255) cttcCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATaa > 2:497767/1‑151 (MQ=255) cTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTTTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATc < 1:271184/301‑1 (MQ=255) gtgATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGtt < 2:367053/159‑1 (MQ=255) gtgATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGtt > 1:367047/1‑159 (MQ=255) tgATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATCAATAAAAAACCGGAg > 2:2004/1‑301 (MQ=255) ggATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGCTATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGTTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGTAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTACTCAATAAAAAACCGGAGTTAAAGt > 2:296427/1‑301 (MQ=255) ggATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATCAATAAAAAACCGGAGTTAAAGt > 2:656406/1‑301 (MQ=255) ggATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGAAATAGCTCGTGCATACACCTGCTGAGCCGCCAATTGGGCAGTATTACTCACAAAAACACCGGAGTTAAAga > 1:345505/1‑300 (MQ=255) ggATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTAttt > 2:63218/1‑199 (MQ=255) ggATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTAttt < 1:63215/199‑1 (MQ=255) aTCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATc < 2:707626/180‑1 (MQ=255) aTCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATc > 1:707593/1‑180 (MQ=255) gCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATc > 1:717473/1‑267 (MQ=255) gCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATc < 2:717506/267‑1 (MQ=255) cAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATCTTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCt > 1:467831/1‑222 (MQ=255) cAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCt < 2:467838/222‑1 (MQ=255) aaTCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAac < 2:140122/158‑1 (MQ=255) aaTCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAac > 1:140118/1‑158 (MQ=255) | ATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATCAATAAAAAACCGGAGTTAAAGT > NC_000913/3801952‑3802517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |