| Read alignment evidence... | ||||||||||
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| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
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| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.57e-01 | ||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
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ccTGAATCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATT‑‑‑‑‑GGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTG‑GCTTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGGGGTGGTGCCACTTTAGCCGCCCTGATTGTACTGCCTGCGCTGGGCATGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCCCTTATCCCCATGAGCCGTACgg > 2:744246/1‑301 (MQ=255) tCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTACAACCATT‑‑‑‑‑GGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGCTGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTCACCCGCTGGACCCGGTGTG‑GCTTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCCGGCGTTGCCGGTGTAGGTGGTGGTGCAACTTCTGCCGCACTGATTGTCCTGCCTGCGATTCGCCTCGCAGTAACCCTCCTGGCGCCGTCTATTTCCCTTCACCCGCTTCTCGACATgtcccttgcgtcgttc > 2:105031/1‑285 (MQ=255) ccttgCCAGGTTCGCGGTCGCTTGCGGTGCAACCATT‑‑‑‑‑GGGCCGAACGGCGTGGCCGGTTGGTATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGACGGTGGCGCCTACGGTTGGCAGGAACCCGCGGGACCCGATGTG‑GATTGCTACGCTGGGGGGTATTGTGACCGTTAGTGCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAAc < 1:331539/297‑1 (MQ=255) cATCTCCAGTGTCACCGTCTGTTTAGGTGCACTGATG‑‑‑‑‑GGTAATAACGTGTGGGCCGGTGTGCAGCCGTCAATGCG‑TGCGGTTATGGTTGGGCCTCCGGTTGGCATTCACCCGCTGGCCCCGATGTG‑GATGGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGGCGCACTGTTTGGACTGCCTGCTATGGGCCTGCCAGTAACTCCGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACTGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAAc < 1:305039/301‑1 (MQ=255) cacggctggtgggaggctcggttCGGTGCAACCATT‑‑‑‑‑GGTAAGAACGGCGGGGCCGGTGGGTCGCCGGCAATGCG‑TGGGGGGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCAGTAACCCGCGGGACCCGATGTG‑GATTGCGACGCTGGTCGGTATTGGTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACg < 2:478296/280‑1 (MQ=255) atggCCAGTTTGGAGGCGTCTTGCGGTGCAACCATG‑‑‑‑‑TGTCAGATCGGCGGCGACGGTGTGTATACGTCAAGGCT‑GGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTG‑GAGTGCGACGATGGTCGGGATTGTTACCTTTAGGTCCGCAGGCGTTGCCGGTGGCGGGGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGAGTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGGTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACg < 1:105035/298‑1 (MQ=255) cGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATT‑‑‑‑‑GGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTG‑GATTGCGACGCTGGTCGGTCTTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGCTGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTCATCTCCGTTGAACCTCTTATCGCCAGGGGCCGTCCGGCGTTaaaatgt > 2:207773/1‑297 (MQ=255) cGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATT‑‑‑‑‑GGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTG‑GATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACAGTTAGGTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGGGGTGGTGCCACTTTCGCCGCACTGCTTGTACTGCCTGCGATGGGCATGCCCGTAACCCTGGTTGCGCTGTTGAGCTCCGTTGAACCGCTTTTCGCCCTGGGCCGTACGGCGTTACACGtt > 1:329642/1‑301 (MQ=255) cgtctGTCGGTGCAACCTGT‑‑‑‑‑GGTAGGAGGGGCTGCGCCGGTTGGGATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGAGGGTGGCGCCTACGGTTGGCAGTAACACGCTGGACCCGATGTG‑GATTGCGACGCTGGTCGGGATTGTTACCGTTAGTTCCTCAGGCGGTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCGGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGAc < 2:293334/299‑1 (MQ=255) ctTTCGGTGCAACCATT‑‑‑‑‑GGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTG‑GATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGAACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACCTGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGCTTACAg > 1:546607/1‑300 (MQ=255) gggCAACCATT‑‑‑‑‑GGTAAGAACGGCTGCGCCGGTTTGGATCCTGCAATGTG‑TGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTG‑GATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGGTGTCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCa < 1:557549/298‑1 (MQ=255) | CTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTAC‑CTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAACGCGTCGTCTGGGCGTTCCTGAATCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATT‑‑‑‑‑GGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCT‑GGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTG‑GATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCA > NC_000913/1811661‑1812245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |