New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1096961 = | 65 (0.820) | 17 (0.300) | 6/408 | 6.8 | 30.7% | intergenic (+132/+604) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser |
? | NC_000913 | = 1097503 | 30 (0.520) | intergenic (+674/+62) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
TTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGC‑CAGTTGTCGACCCCCGG‑TCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCG > NC_000913/1096668‑1097261 | ttGGAAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTTAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGAGTTTATTATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGgtg < 2:150699/300‑1 (MQ=255) tGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGTCAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATAc > 2:698770/1‑301 (MQ=255) gAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GGGCACGATTACCCCCACCCCTATAAGCCGTCGGCGGGGGCCCACGGGGGGTGCAattgacaaa > 1:127604/1‑293 (MQ=255) tGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGCTGTGTGCAATATACGACAAAAAAGCCCGt > 2:439956/1‑300 (MQ=255) gCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTAc > 2:548512/1‑301 (MQ=255) aCTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTGCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCAGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCtcttct < 1:129244/300‑1 (MQ=255) ctGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTGGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTTTTCTTTa > 2:424192/1‑300 (MQ=255) 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ttACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATATGAAAAAAAAGCCCGTAATTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGTGGGGGAt > 2:621314/1‑301 (MQ=255) aTTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGTCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAATTATGGCGGTGAGGGGGGGTTTGAcc > 1:400265/1‑300 (MQ=255) tttttgCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACt < 2:127648/300‑1 (MQ=255) tCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCCCCCGGTGTGTGCCATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTTTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGGTGTACTCGCTTTGCTTGcc > 1:739335/1‑301 (MQ=255) aaCGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAACTATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGTGGGGAGCCCGcg > 2:616556/1‑300 (MQ=255) ttttttGATGGCATGTTACTTGTATTTCCCTTTGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATGAGAATGGACCAAATAATCCATTTATGTTTTTTACTCTCTTGCGCATTTTGAGTTGTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACt < 1:621149/300‑1 (MQ=25) tttATGATGGGATGTGTCATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTg < 1:548356/300‑1 (MQ=255) gtgACATTGTTTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGCGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCCCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTg < 1:291360/300‑1 (MQ=255) aTGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCACGTACTTTCGTACTGGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTATCTTGCTTCGCCCTCGGTGCACACCGCCCCCTGCGTTCTCGTGCTGTCCCAc > 1:524890/1‑301 (MQ=37) aTTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGCGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCGGGCCGATCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACGGGc > 1:599062/1‑301 (MQ=255) tttCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGc < 2:400389/300‑1 (MQ=255) cGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCg < 2:599226/301‑1 (MQ=255) 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aTTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATGTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCATACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCTGTCACGGTATGTCCAACTGGCCTTCGC‑CAGTTTTCg > 2:559955/1‑301 (MQ=255) aTTTTAAAAAGTGGGGAAGGGATAGGAAGGGACCAAATAATAAATATATGTTCTTTCCTCTCTTGCTCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACGGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCGCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCGACAGC‑CAGTTggac < 1:258513/301‑4 (MQ=21) tttAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGGGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCTGGCAGCCCGCTCCCTGCGTTCCCGGGCTGTCCACCCGGCTTGCGC‑Catgtgttgtc > 1:424235/1‑292 (MQ=37) 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cccGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGC‑CAGTTGTCGACCCCCGG‑TCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGCGCTCTCCTCTAAAAATGGCGGTGCGGGGGGGATTGCCTCGCTTCGCCCGCCCTGCGGGCCGCCCGCTCCCcgcg > 2:575534/1‑301 (MQ=255) | TTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAT‑GTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGC‑CAGTTGTCGACCCCCGG‑TCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCG > NC_000913/1096668‑1097261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |