| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1243134 = | 71 (0.890) | 6 (0.080) | 5/554 | 9.5 | 7.9% | intergenic (‑54/‑46) | ldcA/emtA | murein tetrapeptide carboxypeptidase; LD‑carboxypeptidase A/lytic murein endotransglycosylase E |
| ? | NC_000913 | 1243154 = | 70 (0.900) | intergenic (‑74/‑26) | ldcA/emtA | murein tetrapeptide carboxypeptidase; LD‑carboxypeptidase A/lytic murein endotransglycosylase E | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
GTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCG‑ATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAA > NC_000913/1242834‑1243429 | gagtcgggggctcgtccgtccggccgcGTACAGCCAGCCGGATGTTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGCCAAGTGAATTGAGATCTTCCAGACGCCCTGTTGCCGTACCCGCAAAACGCTCACACCGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGTGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGtgtg < 2:642339/279‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGGGTGcc > 2:633513/1‑301 (MQ=255) ggagggtgtgggtggtttgcctgcTGGCAGAGGAAATGAGATCTTCCAGTCGCTCGGTTTACGTACACGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCGAGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATTGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATa < 1:315650/278‑1 (MQ=255) gggggtTGGGGGGAGGCAGCTCGGCAAGGGGATTCAGATCTCCCAGCCGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTGGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATaga < 1:633343/296‑1 (MQ=255) cTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCCGGCTCTAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGTAATGGtt > 1:15295/1‑301 (MQ=255) tagCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACATCGACGTCATTGACTCTATTCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATCCCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTCATGCAGTAACCCGCAGGGGCAATTAACGGAAACAGAGACATAGCAATTCCTTGCTGACGAAAGAACCGAAATGAATATCATGCCCCTTATCTATCCGCGTGTCACCTAAACTGCCATGCCACGCAATACTGATAGAAGACTTCAAAATGAGATGGt > 1:17799/3‑299 (MQ=255) gCAAGGGAATCGAGATCTTCCAGACGCTCTGCTTCCGTACCCGCAAACCGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATCGACTTGCTGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCCCGGCGGGCTGTTTACTGCAGTAACCCGATGGGGCAACTAGGTGACACAGAGACATGGCAATTCCTTTCTGACAACAGAAACGAAATGTACATGATGACCACTAGGCGTGGCGATGTCACCTCAACGGCCATTCCACGCTAGAAGGATAGAACAAGTTAAACTgaggagggttgg > 1:60743/1‑292 (MQ=255) gAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGGTGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTCTATAATGCAGATTAGGTGTGCAGt > 2:407205/1‑234 (MQ=255) ttGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTgct > 2:87584/1‑299 (MQ=255) agaTCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTACGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCCACGGCGATTCCAGGCCATAAGGATCGACGAAGTTAAATGGAGATGGATTGCCTTTTTGttttg > 1:423738/1‑299 (MQ=255) gaTCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATtgtg > 2:647435/1‑301 (MQ=255) ttccatccctcctGTTCCCGTACCCGGAAAACGCTAAAAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTGGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCGGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGtta < 1:516909/289‑1 (MQ=255) ccctctGTTTCCGTACCCGCAAAACGCGCACACCGACGGGCAATACCCTCGACGGTATTGACTTGATGCCCGGCGTCGGTAAGGAGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCggg < 1:218298/299‑1 (MQ=255) 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tCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTtcatc > 2:90295/1‑301 (MQ=255) ccAAAACGCTCAAAACGACGGGCAAAAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGa < 1:66176/300‑1 (MQ=255) aaaCGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTCGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACt > 2:550984/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |