New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 273955 = | NA (NA) | 9 (0.090) | 7/600 | 11.8 | 10.6% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | = 295085 | 76 (0.770) | intergenic (‑286/+54) | yagM/yagN | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; uncharacterized protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
ACACTATTAGACATTTTTAAGGAAACCTCTTTGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCTGATTTTTACATGACATCAGACGCGCGAGAAAGTTAGTAGCATTTTGCATTCTTTGTTT > NC_000913/294786‑295384 | acacTATTAGACATTTTTAAGGAAACCTCTTTGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAc < 1:78539/301‑1 (MQ=255) gACATTTTTAAGGAAACCTCTTTGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCTTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGtt > 1:365447/1‑301 (MQ=255) ttttAAGGAAACCTCTTTGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCATCTGTTGAAAt > 1:1054349/1‑301 (MQ=255) aaGGAAACCTCTTTGTTATCTAAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTTTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGc < 1:316714/301‑1 (MQ=255) ggAAACCTCTTTGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAg > 2:524267/1‑298 (MQ=255) ggAAACCTCTTTGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTCTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCCCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAg > 2:1051134/1‑298 (MQ=255) tttGTTATCTAAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTgaga < 1:451057/301‑1 (MQ=255) ttGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGAt > 2:492135/1‑301 (MQ=255) cccctacacgacgctcttccgatcttGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGt < 1:790481/276‑1 (MQ=255) ttATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTa < 1:768602/301‑1 (MQ=255) 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aaCTACTAACTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAAAATCACTATAAAACAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGGACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGaa < 2:776310/301‑1 (MQ=255) tactaTCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATgc < 2:670988/301‑1 (MQ=255) tGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTagatcggaagagcacacgtctgaa > 2:790489/1‑277 (MQ=255) aaTTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTg < 2:389463/301‑1 (MQ=255) tttCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGcc < 1:739049/301‑1 (MQ=255) tttCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTAAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGcc < 2:365449/301‑1 (MQ=255) 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cgtgtgctcttccgatctGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACt < 2:823481/284‑1 (MQ=255) gcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGTTTTTAGCTAACCAAGCGGTTGAAATGACTTGTGCTTGTATTGTATCCGGGGGTTTGAATCCGCCATTTTTGCCACCCCAG‑GAATGAGGTAATTGGTAAAAAAAGCTTTAGTCTTTATTTATTACGTAGGGGTAGAAATGAGGGCAGAA‑GAAACGTTTCCGGCCTCGGGGCCGGGGTACCTACAATccccaaatcggaaggcgctcggtaggg > 1:107213/1‑278 (MQ=255) ttGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTAACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGc < 1:492132/301‑1 (MQ=255) 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tcttttGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGGTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATg < 1:581166/298‑1 (MQ=255) aaTTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATg > 1:829702/1‑300 (MQ=255) aTTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGcc < 2:829710/301‑1 (MQ=255) 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tGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCTGATTTTTACATGACATCAGAcgcgcg > 1:979668/1‑301 (MQ=255) gagaTTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCAGAtcggaagagcacacgtctgaactccagtca > 2:333140/1‑272 (MQ=255) aTTTTTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGGTTGAATGCGCTCATTTTGTCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCTGATTTTTACATGACATCAGACGCGCGAGAAAGt < 1:439070/299‑1 (MQ=255) gtAAGGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAGTGAGCTGGGATTGAGATGTGTCCGGGAGGTTGAGTGCGGTAATGTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCGAGGAAGGCTTTAGGCATTATGGAATTAGTGGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAGCGTTT‑CGGGCGCGGGGTCGGGGTGACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCTGATTTTTACATGACATCAGACGCGCGGGAAAGTTAGTAGCAt < 1:1044238/299‑1 (MQ=255) aTGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGATAGTAATGAAGGCAAAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCTGATTTTTACATGACATCAGACGCGCGAGAAAGTTAGTAGCATTTTg < 1:753732/301‑1 (MQ=255) aaCTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGGTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGAATTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCTGATTTTTACATGACATCAGACGCGCGAGAAAGTTAGTAGCATTTTGCATTCTTTGttt < 1:733886/301‑1 (MQ=255) | ACACTATTAGACATTTTTAAGGAAACCTCTTTGTTATCTCAATATAAAACTACTATCTGAAATTTCTCAGTGTTGCCCCATTTTTCTCGGGGCAACATCGCTATAAATCAATAAAATTAAATCTGTAATTTATTACAGACTTTCTCGTACAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGAT‑ATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTT‑CGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTACCATCACCTGAATCTGATGATAAGGCACTTTTAGCTGATTTAGCCGTACTGTGATGCGATCTGGATGCCTGATTTTTACATGACATCAGACGCGCGAGAAAGTTAGTAGCATTTTGCATTCTTTGTTT > NC_000913/294786‑295384 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |