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| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 258684 = | 0 (0.000) | pseudogene (9/331 nt) | crl | pseudogene, sigma factor‑binding protein, RNA polymerase holoenzyme formation stimulator;regulator; Surface structures; transcriptional regulator of cryptic csgA gene for curli surface fibers | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) aaaaaatttaccgcactaggcccgtatattcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAAGCGATTCTTTTTCGATTGT‑CTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGGCACCGGAAGTGCGTGAAGTCTGGGGCTAGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCC‑GTTTTACCTACAGTTACCAGtt < 2:453527‑M2/139‑1 (MQ=255) aaaaatttaccgcactaggcccgtatattcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGT‑CTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGGCACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCC‑GTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTGAAGTGGT‑TGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGTGAACTGCTGACGAAGCt > 2:700303‑M2/40‑301 (MQ=255) ctaggcccgtatattcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGT‑CTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGGCACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCC‑GTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGCCACTGAAGTGGT‑TGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGTGAACATGCGGAAACAGCtgacgaaggtgaaacggaggttgg > 1:487403‑M2/26‑290 (MQ=255) 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(MQ=255) ggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGT‑CTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGGCACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCC‑GTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTGAAGTGGT‑TGAACGACTGGCGCACACCCTGCGTg > 2:558657‑M2/5‑229 (MQ=255) | GTGTTGAGGCCAACGCCCATAATGCGGGCTGTTGCCCGGCATCCAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGAAGGTAAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGT‑CTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGGCACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCC‑GTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTGAAGTGGT‑TGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGTGAACTGCTGACGACGCTGAATCTGAAGCTGGAACCGGCGGATGATTTTCG > NC_000913/258385‑258978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |