| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3267226 | 110 (1.130) | 5 (0.050) | 5/554 | 11.7 | 4.5% | intergenic (‑161/‑154) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| ? | NC_000913 | = 3267234 | 108 (1.140) | intergenic (‑169/‑146) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TTAATGATTTTACTGACGGCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCAT > NC_000913/3266938‑3267523 | ttAAGGGTTGTACGGACGGCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTGGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACGTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAAAGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTg < 1:103440/300‑1 (MQ=255) ttttACTGACGGCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCCTTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACAACTTACAAATTAACTTTCAATAATTTCCAGATTATCGTTATTACAATTAAATACCATTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATAAGACTAAACCATTAtttttat > 1:744721/1‑299 (MQ=255) gCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCCTAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGACCAGGATATGTGCGACCACTCACACATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTCTTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATAAACAAAAACCCTTATTTTTGCTAAAAAAAAt > 1:877926/1‑300 (MQ=255) gCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAAACAGAATAAACCATGATTTTTGTCAAAAAAAAt > 2:568724/1‑300 (MQ=255) cccgtgtggattacaccccaatcattagCACCCCAGCCGAAATGACCCCTTCTAATGACCTCCTGAAAAACTACCAGGTGCATCATTTTCGGAAGAAGAATAATTCTCTTAACAACCTACGTTAATTGCCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATTAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTACATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATg < 1:70605/274‑1 (MQ=255) ggTTGAGTTAACCCTAATTCTTGTGCAACCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTAACAGGTGCTGAGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACg < 1:214091/301‑1 (MQ=255) ttaGTTAACCCTAATTCTTGTACAACCGAACCGATAAAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACggg < 1:596029/298‑1 (MQ=255) aaaccTAATTCTTTTGCAACCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCGGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGTAATAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAAATAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAAGACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAAcc < 2:878165/298‑1 (MQ=255) aCCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTAAAAAAAAATAACGGAGATAAcc > 2:460166/1‑300 (MQ=255) cTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCata > 2:663986/1‑300 (MQ=255) aaatCTTTTGCAGCCGAGCCAATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGAATACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATAttt < 1:670559/298‑1 (MQ=255) aaTTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCatat < 1:663806/299‑1 (MQ=255) caattGCAGACGAGCCTACATAACCACAGTTAATCACATCCTGAAAGACTACCAGGGGCTACGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCGACGTTAATTACCTCATTTACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTAt < 1:772315/297‑1 (MQ=255) 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gccgagccgaTAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGACATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAACTTAAATTTCAATACTTTCCAGAGTCTCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGATAAAGTATAAAAATCAGTAAAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATAAAGGGTAGAACCATATTTCAGGGcaaaa > 1:289529/1‑295 (MQ=255) gagccgaTAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCGGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAAt < 2:489934/267‑1 (MQ=255) ccaaTAGAACCACTTCTTATGACTTCCTGAAAGACTACCAGTTGCTTCGTTTTCGGAAGAAGAATATTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCAtt < 1:389117/298‑1 (MQ=255) 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aCTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGAAGGGGAAAACAAAATTTTATGGAGATAACATAATTAGTTATGTGGt > 1:275574/1‑301 (MQ=255) aCTTCTAATGAATTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGt < 2:249565/301‑1 (MQ=255) agaactaCTTACTGAAAGACTACCTGGACCAGCATTTTCAGAAGAACAATAGTGCTCATAAATAACTACATTAATTACCACATTGACGGCATGAAATGTATCAAAATGAAATTAACATGATATGTGCGACCACTCTCAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTAACGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATGAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAAt < 1:71961/295‑1 (MQ=255) aaTGACTTCCTTAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCAACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTC‑AAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAAt < 2:867901/298‑1 (MQ=255) aTGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATAc > 2:860555/1‑300 (MQ=255) aTGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCAAGAGTATCGTTATTACAATTAACTACTTTTAAATATAAACAAGTAAAAGAATAAAAATCAGAATAACCCCTGATTTTTATCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTGATAGGGATAACAACATTAGTAATGCGGtatataa > 1:781329/1‑294 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |