New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1825935 | 176 (1.360) | 7 (0.060) | 6/558 | 16.2 | 4.0% | intergenic (‑310/+20) | spy/astE | periplasmic ATP‑independent protein refolding chaperone, stress‑induced/succinylglutamate desuccinylase |
? | NC_000913 | = 1825939 | 167 (1.340) | intergenic (‑314/+16) | spy/astE | periplasmic ATP‑independent protein refolding chaperone, stress‑induced/succinylglutamate desuccinylase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CTTTCAGTTATTTATTACGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCCCAACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCCTTTCTCAAACGGCATAAAATTCAGCGTGTCACTTGCCATATGCATTTCGAAGGACGGCGAGTGGCGAGTAATTTGCGAAACCACCCGATAACGGAGCGGCGGTGTTCTCACGATACCGACACTCTCACCAGATAGCAGCGCAGCAATTGCGC > NC_000913/1825640‑1826235 | ttCATTTATTTATTACGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGAtt < 1:548082/299‑1 (MQ=255) gTTATTTATTACGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAA‑AATTTTGCGGCCAATTATGAAGAAAAAAGGAAAATTGGATGTAAGGGGTTGAAAAAAATTTAAAACATGATGATTTTCCAGAAATAATAAAAAAATAAACC‑GATGGCCGGTTTATACATAAAGAAATAAAACAGGA‑TAATCCGTTATGAGTTTATAAG‑AACCAACTTAATAACCACAGaactaacttacatg > 2:384169/1‑289 (MQ=255) tattaCGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACACGGATTAAACTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAAAGATTTCTACAGGTa > 2:751930/1‑299 (MQ=255) attaCGGCTGTCTTAAGTAGCGTGCAGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTGTAGCGTCAATTAATAAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGt < 2:532188/301‑1 (MQ=255) cGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACACGCAGAATGATTTTTGCGGGTAAGTAtt > 2:271616/1‑300 (MQ=255) tttCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTTC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTAGGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAACAAACTAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACATAATACACGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGAATTAGCtt > 1:656453/1‑301 (MQ=255) tttCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGAGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACAGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAATAATTAGCtt > 2:909743/1‑301 (MQ=255) ttCTTAAGTATCGTGCCGTGTTGACAAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATAAGAGCAAAGGTAAAACAATGAAAATGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAATAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTa < 1:373772/293‑1 (MQ=255) tCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACTCGCAGAATGATTTATGCGGGTAAGTATTAGCTTAt > 2:503484/1‑301 (MQ=255) cTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACAAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGAAACTTAATAACCGCAAAATGATTTACGAGGATAAGTTTTAGCTTAtt > 1:607348/1‑301 (MQ=255) 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agaTTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGt < 1:271563/301‑1 (MQ=255) agaTTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCACGCGCGt > 2:143659/1‑301 (MQ=255) aCTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGCGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑AATTAATTTATAAGAAAGCAATTTAATACCTGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGTGCGTAATcc > 2:1156335/1‑300 (MQ=255) 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cccGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCCCAACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCCTTTCTCAAACGGCATAAAATTCAGCGTGTCACTTGCCATATGCATTTCGAAGGACGGCGAGTGGCGAGTAATTTGCGAAACCACCCGATAACGGAGCGGCGGTGTTCTCACGCTACCGACACTCTCACCAGATAgcagcgcagc > 2:18720/1‑301 (MQ=255) ccGAAGAATGATTTCATAGGGTAAGTATGAGCGTATTTTTCCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCGCCACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCCTTTCTCAAACGGCATAAAATTCAGCGTGTCACTTGCCATATGCATTTCGAAGGACGGCGAGTGGCGAGTAATTTGCGAAACCACCCGATAACGGAGCGGCGGTGTTCTCACGATACCGACACTCTCACCAGATAGCAGCgcagca < 1:503374/301‑1 (MQ=255) aTGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCCCAACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCCTTTCTCAAACGGCATAAAATTCAGCGTGTCACTTGCCATATGCATTTCGAAGGACGTCGAGTGGCGAGTAATTTGCGAAACCACCCGATAACGGAGCGGCGGTGTTCTCACGATACCGACACTCCCACCAGATAGCAGCGATGCAATTgcgg > 1:211274/1‑300 (MQ=255) | CTTTCAGTTATTTATTACGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGC‑GCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAGAATATTACAACACGATGATTTTGCAGAGATTATGAAGAACTATACCGGATGACTGG‑TGATAAATAAAGCAAATAACCAGGATTAATCTG‑TATTAATTTATAAGAAAGCAACTTAATACCCGCAGAATGATTTCTGCGGGTAAGTATTAGCTTATTTTTTCGAGCATTAATCCCGCGCGTAATCCCAACGCTACCAACGGATTAGGGAATAACACATACTCTACATCATGGGTTACGGTAAAACGTTCCTCTCCGTCCTGCGCCAGCAATGTTCCTTTCTCAAACGGCATAAAATTCAGCGTGTCACTTGCCATATGCATTTCGAAGGACGGCGAGTGGCGAGTAATTTGCGAAACCACCCGATAACGGAGCGGCGGTGTTCTCACGATACCGACACTCTCACCAGATAGCAGCGCAGCAATTGCGC > NC_000913/1825640‑1826235 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |