| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 2066632 | 114 (0.880) | 26 (0.200) | 15/570 | 11.3 | 18.8% | noncoding (722/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2102208 | NA (NA) | noncoding (736/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACA > NC_000913/2066340‑2066924 | ccGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTCGCCGGCATCGGCTTCGACaa > 2:608392/1‑300 (MQ=11) aaatcAGGTTGGCCAGCGTTATTATCTTCGTCAGTTGGTTATCTTTTTACCGCAATGCAGTGTAGTTGTGTTTCACGAATCCGATCGTTCGCTTGATGATGCGAAATGGTTGCTCCACCTTGGCCCGGATGTTGTCTTTCATGTATTCGAGGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGTTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctc < 1:708463/297‑1 (MQ=11) gggCCGGCGTGGATAATATCGCGAGTTGGTTATCGTTTTTCATCAACCCCTTGTATCGGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAATTGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATTCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATg < 1:142424/300‑1 (MQ=2) ggCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATgc > 2:974659/1‑301 (MQ=11) ccAGCTTGAAGTACATCTCCTGTTGGTTATCGTGTTTAAGCAACCCGTTGTTTCTGTCTTTAACGACGCCGACCGTTCGCTTGATGATGCGAAATTGGTGCTCCGCCTTGGCCCGGATGCTGGCTTGCATGTCTTCGATTTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTTTTTCAAGTTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATgcag < 1:730285/301‑1 (MQ=11) gCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTTATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCCTGTATTCGATGTTGATGGCCGTGTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTAGGCGATCAGCCAGTCCACATCCCCCTCGGCCAGCTCCGCG‑CGCTGGGGCGCCCCTGGTTAGCCTGCATCGGCTAGGCCAAATTCCTCCTCTCCCTgcagc > 1:993759/1‑299 (MQ=11) cgcgAATATCTTCTCCAGTTTGTTTTCGTTTTTCAGCATACCCTTGTATCTGGCTTTCACTAAGCCCAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGTGGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGa < 2:1100503/298‑1 (MQ=11) attaccATCGCCTGTTGGTTATCGTTTTTCACCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGAGTCTAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTAc < 1:344090/296‑1 (MQ=2) cctcgtaaggtgggttgggttgttCACCTACCCGTTGTAGCTGTAGTTAACTAAGCCGACAGGTCGATTGCGGGGGCGGAATGGGTGTTTCCCCTTGGCCCGGAGGTTGGCTTTCTGGGATTATATTTTGATGGCCGTTTGTTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCCATCAGCCCGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCTGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGc < 1:24264/283‑1 (MQ=2) aTCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTCGCCGGCATCGGCTGAGCCAAATTGCTCCTCTCCCTGCAGCAGATTACCCAGcc > 2:616870/1‑300 (MQ=11) 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cccgCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGa < 2:872485/298‑1 (MQ=14) ccGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAACGAGGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTGCAGTCATCATGACCCCTGCTTCGGCCAGCCTGCGTTTGGTGGTCttt > 1:1144582/1‑299 (MQ=255) cATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGcaca > 1:444279/1‑300 (MQ=14) | CCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCG‑CGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACA > NC_000913/2066340‑2066924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |