| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,802,236 | 0 | C | A | 38.1% | 93.2 / 87.7 | 85 | D275Y (GAT→TAT) | waaO | UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑ alpha‑1,3‑D‑galactosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/26); new base A (18/14); total (44/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
GCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGGTGTTATATTTAATATCAGCGAAAATAAGTTTATCCGCCAGCAACATATTTAACACATCCTGATCAGGATGTGTTATTTTTTTGATTATTTCTGGCTCATTTAGCATTGCAATAGCTCGTGCAGAAACCTGCTGAGCCGCCCATTGGGCAGTATTAATCAATAAAAAACCGGAGTTAAAGTAACCTTTAGC > NC_000913/3801945‑3802527 | gcCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAggg > 1:414188/1‑301 (MQ=255) tgctcttccgatctcTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAggg < 2:471268/286‑1 (MQ=255) ccGAAAATCCCAGGCTTTCACCTTATCTATCGCTATGGCAGTGAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTGTATAGTTTCCCAGTTTTAAAGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCATTTTAGATATCTATGCGTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATAGCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAggg < 1:27404/300‑1 (MQ=255) ccGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAggg < 2:336870/300‑1 (MQ=255) gAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCCATCTCCATGGCAGGAAATGACACCACAATGCCACCCTTATATCATTACTGTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAACAGATAGTTGCTAAATCCTTTTCGATATCTCTGATTTTTAAGCATATTTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAATAACGCCGTCTTCTGCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGAtt > 2:568906/1‑301 (MQ=255) cttccgatcttttAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCttggt < 2:287752/291‑1 (MQ=255) aaTCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCTTAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCttggt < 2:459355/301‑1 (MQ=255) 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cacaATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGttt > 1:258422/1‑301 (MQ=255) aaTGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCGTTATCTTTGCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAGTCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTGCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCGTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTtata < 2:535805/301‑1 (MQ=255) cccTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGcttt > 1:103103/1‑301 (MQ=255) 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cccAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATCATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGaa > 1:165387/1‑301 (MQ=255) gTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTgg > 2:745956/1‑301 (MQ=255) tAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGCCCAATAATGCCAGGGCTTGGTTGGCCCGATATAATGGATAAAAATAGTATCGTTGGTTACTGGGTTTATAAAGCTTTCTTTGAGTTGATAATTTAAGCTGAACTGGgtgt < 2:294044/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |