Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,346,342 | 1 | .→C | 1.1% | 1.4 0.0 ‑0.2 | 190 | coding (170/288 nt) | hpf | ribosome hibernation promoting factor HPF; stabilizes 100S dimers |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (84/104): total (85/105) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.95e-01 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
AACCTCTTTGCTGTCGGAACAAGGTATCATGGTGGCACGCCGCACTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGTCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAA > NC_000913/3346042‑3346638 | tGTCGGAACAAGGTATCATGGTGGCACGCCGCACTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGTCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGaaa < 1:583730/301‑1 (MQ=255) 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aaCTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGTCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTa < 1:482106/300‑1 (MQ=255) aCTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGTCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGATCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTAc < 1:639011/301‑1 (MQ=255) aCTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGGCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTAc < 2:375388/301‑1 (MQ=255) 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cccACACCCCAGGTGGACAATTGCATGGAAA‑CGTGGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACACTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCGGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGTTAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGTATGTGCATGGCGGTCTGTTTTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAg < 2:52095/301‑1 (MQ=255) ccTCAGATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGtt > 2:398134/1‑299 (MQ=255) gATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTc > 1:395427/1‑221 (MQ=255) aTGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGTATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGACATTATGACAAATAATGATAc > 2:77551/1‑271 (MQ=255) aTGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATAc < 1:77554/271‑1 (MQ=255) aTGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAAc < 1:155525/299‑1 (MQ=255) aTGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAAc < 1:594489/299‑1 (MQ=255) aaaCACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGa < 1:991966/300‑1 (MQ=255) gCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCAc < 1:40610/213‑1 (MQ=255) | AACCTCTTTGCTGTCGGAACAAGGTATCATGGTGGCACGCCGCACTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGTCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAA‑CGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAA > NC_000913/3346042‑3346638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |