| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,287,037 | C→T | 8.0% | intergenic (+511/+50) | narI → / ← tpr | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/protamine‑like protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,287,037 | 0 | C→T | 8.0% | 2.3 0.0 0.0 | 100 | intergenic (+511/+50) | narI/tpr | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/5): ref base (37/52): total (40/60) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
TTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC‑TGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGT > NC_000913/1286745‑1287334 | ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAGCGCTCTCTCGCTGGCGCTCAATTCGAGCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTAGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGt < 1:338416/301‑1 (MQ=255) cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGATTTCAggg > 1:855000/1‑301 (MQ=255) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTGGGTGGAAGCTTGTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACt < 2:12143/300‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAGTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAAGTGCTGCGCGCATCGCCGTAGGGTTCGTTTCCGGCGGCACCGCCCTCTCGCTTGCACTCGACTCGCTCCTCCGGCGGAGCATCTCATCCTTCCCAGGATGGTCCGAAGCTTGCATTGCTGATTCGTTTGGGTATTCAggtatcttt > 2:482648/1‑294 (MQ=2) 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aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAACCGCTGCGTGGTTGGCCCTTGGGGTCGTTGCCGGCGGCAACTCTCTCTCACTGATCCTCCGGCCCAGCCTTAGACGAAGCTTCTCATCTTTCCCCCCATCGGCCGAGTATTTGATAGAGGGTTCGCTTGAGAGTTCAGGGTATTTGGAAATTTATGTGTGTGGGGGAAGGATTGCtaacctc > 2:790962/1‑294 (MQ=14) acGAATCTTCTGATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAAGATTTGATTGCGGATGCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc < 1:61710/299‑1 (MQ=255) cTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGTATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGCATTCCGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAACCGCTACCCGCTTCGCCCCTCGGTTCGTTGCCGGCGCCTTCGCTCCCCCGTTCACTCTCCAGCGCATTCTTCTTCTCAGTTTCTCATCCTCCCCCGGATCGGCTGAATCGTTAATTTCGCATTTCCTTGTGAGTCCTTGCATTCTTGAACGTGATGGTGGCGTCGTGAGGACTACTCAGCGCtaccagcggtaaacgcacgt > 2:181350/1‑282 (MQ=9) 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atatTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCTGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGGTTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCACTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCtgtctcc > 1:809316/1‑299 (MQ=255) ttGATGGCGGATTCGTTTGTGAATTCCGTGGCTTGTGCAAGTGAGTGTGGTGGGGGACGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGGCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCGCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGTGATTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGgc < 1:919125/301‑1 (MQ=17) ttGCTGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCTCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTc < 1:444161/301‑1 (MQ=255) 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atatTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCATTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGGTTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAGGTGATGGTGGTGGGGGAAGAATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTT‑CACTCATGCTACCTTTGTCCACTCgg > 1:747753/1‑301 (MQ=17) ttGATTGCGTATTCGCTTTGGATGTCAGGGACTTTTGAAAGTGAGGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC‑TGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 2:798480/301‑1 (MQ=255) gtttaagggacaggCTTGAGAGTTCAGGGACTGTTGAAAGGGAGGGGGGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCATCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC‑TGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 2:1082868/287‑1 (MQ=21) tCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGGTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGCGGCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGTGAAGTTCAGCGACTTTTAAAAGTGCTGGTGGGGGGGGGGGGCTTCGAACGTTCGAAGGCGCAGACGGCGGCTGTACAGTC‑GGCCGCCTGTGGCTGGACGGTGACCCCACCCggggg > 2:331358/1‑300 (MQ=17) gCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC‑TGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc > 1:1082922/1‑287 (MQ=255) | TTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTG‑CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC‑TGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGT > NC_000913/1286745‑1287334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |