Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,663,325 | 1 | .→C | 1.2% | 1.5 0.0 ‑0.6 | 171 | coding (2912/3114 nt) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (87/82): total (88/83) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.51e-01 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CTGTATGCGATTTCACTGGTCG‑TGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTCACCACTCAACAACCAGCTAACCGTCAGGAATACCA > NC_000913/3663033‑3663624 | cTGTATGCGATTGCACGGGTCG‑TGGTGTTCCGCTCCCTCGCGGCACTCTATTAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTCCCGTTAGGCTTCGTGTGCCCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAAGGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACTACCATCGTGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATcc < 1:882314/301‑1 (MQ=255) gTATGCGATTTCACTGGTCG‑TGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTCCTTCCAGGT‑TGGTTTTCTAACCACCATCGGGCTTTCCGCCACAAACGCCATCCTGCTGGTCGAATTTGCCGTTGCGATGATCCCGAACGCTGCACCACCACCGATCGAGACAATCATAGAACCGCCGCGGAT‑GCGTTCACG‑ACCAATccca > 2:320896/1‑299 (MQ=255) gTATGCGATTTCACTGGTCG‑TGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGGCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGCAAACCCCGATGGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GGGTTTACG‑CCAAATCAtg > 1:195714/1‑301 (MQ=255) tccGATTTCACTTGTCG‑GGTTGGTCCCCGCCCTCGCCGCCCTCTATGATAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTTGTTGGTCCGTTAGGCTTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGGAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCGGACCACCATCGTGCTTGCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCtgatg < 1:694013/299‑1 (MQ=255) 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catcaccgagaacggaattgaccagctctccATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAACGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCTCCGAT‑GCGTTTACGCCCCAATCCTGCTGACCTCTCTGGc > 1:525161/28‑300 (MQ=255) tttttctgagcccgcgccGCACGCGATGAGGTGTGGTCAATTCCGTTCGCGGGGATGTTGGGTGTTCGGTGAGGCGTAGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGGTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATtc < 2:836514/292‑1 (MQ=255) gccctcgccGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCTCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGAATACCTCCCTGGCCTTTTTTCTCGGCGtt > 1:452085/1‑299 (MQ=255) gcACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTCGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGCCCACCATCGGGCTTTCCACCACAAACGCCATCCTCCTTGTCGAATTTGCCGTTTAGATGATGCAGACAGAAGGGAAAACGCCGAACAAGGCAATAATCGAAGCGCAGCGGAT‑GAGTTTACG‑CACAATCCGGTTGCACTCGCTGGCCTTTacttaggagtggctgcgtcggg > 2:63907/1‑280 (MQ=255) cACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGAGCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCGGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGACGGGAAAACGCCGCTAGAGGCACTCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTGTACA‑CCCAATCCTGATGACGTCTCTGGCCGTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGt > 1:102696/1‑301 (MQ=255) cACGCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTGCGCGGTGATGGTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTTCTGAGCAACCTCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTgg < 1:165420/300‑1 (MQ=255) ctctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGGCCACCATCGGGCTTTCCGCCAGAAACGACATCCTGATTGTCGTATTTGCCGTTGAGATGATGCAGACAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGTCAATCATCGAAGCGGCGCGGGT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCGGAGAACCTCTCGGCCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCGCGTTa > 1:412312/1‑301 (MQ=255) ctctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGCTTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCCGCGAAGCGGCGCGGCG‑GCGTTGACG‑CCCACTCCGGATGACGTCTCTGGCCTTTAtttttggtggggtcgccgtggttt > 2:1068915/1‑279 (MQ=255) ctctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGCTGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTATGGCTTTTAGTCTCGGCGTGCTTCCGCTGGTTa > 1:305883/1‑301 (MQ=255) ctctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCACTCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTa > 1:624772/1‑301 (MQ=255) ctctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTa > 1:1095329/1‑301 (MQ=255) ctctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGGTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGAAAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGCCCTCTCTGTCCTTTATTCTCGGCGtggtggcctcggttt > 1:553659/1‑291 (MQ=255) ctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCCTCGAAGCGGAGCGGAT‑GCGTTTGCG‑CCCAATCCTGCTGACCTCCCTGGCCTTTATTCCCGGCGTCCTGCCCCTGGTTAt > 2:714247/1‑300 (MQ=255) ctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTAt > 1:585760/1‑300 (MQ=255) ctATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCACGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTCTTCTAGGCGTGCTGCCGCGGGTTAt > 2:355917/1‑300 (MQ=255) tATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGCGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCATTCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGCTTCTc > 1:24407/1‑300 (MQ=255) ggTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGACGTTGGCGCATTACTGGCCACAGAACTGCGCGGCTTAAGTAATGACGGCTACTTACAGGT‑TGGTTTACTGAACACCATCGGGATTTCCGCCAAAAACGCAATCCTGATTGACGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCAGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGATTACT‑CCCAATCATGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTAGCATGCATGGTgg > 1:111982/1‑300 (MQ=255) aTTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCCGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCAAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGCTGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGTTTATCAGTCATGGTGCCGGtt > 1:510925/1‑301 (MQ=255) aTTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGCTGCAGAAAAAAGGGAAAACGCCCATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTATACG‑CCAAATCCCACTCACCTACCCGGCCTTTATTCCTGGCGTCCTCCCGccagttttccggtcgtgtgccagtt > 2:1095838/1‑277 (MQ=255) aTTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGAGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑AGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGCTTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGCTAGAGGCAATCATCGCAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑ACCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTATCGGCATCCTGCCGCTGGTTCTCATGCATGGTGCCGGtt > 1:29745/1‑301 (MQ=255) gTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGCTTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATCCAGAAAGAAGGCAAAACGCCGATATAGGCAATCCTCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGCTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCCGTATTGGTGCCGCTTCtcg > 1:576872/1‑298 (MQ=255) gTTCCCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTATTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTCATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTCTGCTGCCCACCACCTGGCTTTTCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGCCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGCAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAACCATCGAAGCGGCTCGTAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGCTGACCTCTCTGGCCGTCATTCCCGTCGTGTTGCTGATGGTTCTGAGTCATGGTGCCGTTTTTgc > 1:215183/1‑299 (MQ=255) cGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGGTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGACGCGGCGCGGAT‑GCTGTTACG‑CCCAATCCTGATGACATCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATTGTGACGGTTCTAGCGCGCa > 1:779821/1‑301 (MQ=255) tggttgTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGACAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTCCG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCCGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAGCGCggt > 1:284838/1‑301 (MQ=255) 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cGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGGCTTTTTCGTTGTAGTTGACAATCCCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCTTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTActcctgttttttat > 1:891072/1‑290 (MQ=255) cGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACAtctc > 2:647077/1‑218 (MQ=255) aTAGAGGCAATCAGCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTGACG‑CCCAATCCTGATGCCCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCAt < 1:383832/300‑1 (MQ=255) tctgcacctcctgtaGCGGCTCGGGT‑GCGTTTACC‑CCCAATCCCTCTCACCTCTCTTGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGTGTGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGTCGCGCCAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGCTGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCTTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTCACCATTcat < 2:519824/287‑2 (MQ=255) agGCAATCATCGAAGCGGGGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCGCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTcac < 1:643927/300‑1 (MQ=255) agGCAACAATCGAAGCGGCGCGGCT‑GCGTTTACG‑CCCAAGCCTGATGACCTGTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGGCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTcac < 2:455428/300‑1 (MQ=255) aaGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAAGCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGGCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATg < 2:240560/234‑1 (MQ=255) gAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCATGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCACAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGTATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTCGTGTACCATCTCTTTGCCCGCTTTAAACAAGCAGAACGTGTCAATGAGAGTAAGGTTGACCATGAAGGTTCAACCTTAATCTCTACTGATACCCCTTCACCACTCAACAACACGCTAACCgc > 1:1098238/1‑299 (MQ=255) g‑CCTAATCTTGCTGCCCTGTCTGGTCTTTATCCTCTGCGTGCTGCCGCTGGTTATCCGTCATGGTGCCGTTTCTGGCGCGCAAAACGCGTTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTCACCACTCAACAACCAGCTAACCGTCAGGAATACCa < 2:343202/300‑1 (MQ=255) | CTGTATGCGATTTCACTGGTCG‑TGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCGATCTGCGCGGCTTAAGTAATGACGTCTACTTCCAGGT‑TGGTTTGCTGACCACCATCGGGCTTTCCGCCAAAAACGCCATCCTGATTGTCGAATTTGCCGTTGAGATGATGCAGAAAGAAGGGAAAACGCCGATAGAGGCAATCATCGAAGCGGCGCGGAT‑GCGTTTACG‑CCCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTCACCACTCAACAACCAGCTAACCGTCAGGAATACCA > NC_000913/3663033‑3663624 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |