| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,706,061 | 1 | .→T | 1.2% | 2.0 0.0 ‑0.2 | 167 | intergenic (‑271/+37) | dppB/dppA | dipeptide/heme ABC transporter permease/dipeptide/heme ABC transporter periplasmic binding protein; dipeptide chemotaxis receptor |
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (83/82): total (84/83) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.93e-01 | ||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TCCCAAACGTCGGAGAATAAACTGCAACA‑TAACCCGGATTCTCTATAGTGACCCGCAGCCTGGAACTGCGTGTCTGTATTGCTCACAAATCAATTCCCGCCCTTATCGGACAGGGAATGAAGTATTGCTGCCGGATGGCGCTGCACGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAGGCCTGATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTTTAATTATTCGATAGAGACGTTTTCGAAGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAACTTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGGAGTGAGCGATGATCAGTGCCGGAGCCTGATCGTGCATCACCACCTGCGCTTGTTTGTACAGTTCAACGCGTTTATTGTGGTCGTCGGTAGCACGCGCCGGTTGAATCAGATCTTCAAACGGTTTGTAGCACCATTTTGAGTAGTTGGAGCCTTGTTCAGAGGCGGCGCAG > NC_000913/3705761‑3706359 | tttaaaaggagacggaAAAAACTG‑AACACTAACCCGGGTTCTCTATAGGGACCCGCAGCCGGGAACTGCGGGTCTGGATTTCTCACAAATCAATTCCCGCCCTTATCGGACAGGGAATGAAGTATTGCTGCCGGATGGCGCTGCACGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAAATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAGGCCTGATAAGCGGAGCGCATCAGGCa < 2:803177/287‑1 (MQ=37) aCGTCGGAGAATAAACTGCAACA‑TAACCCGGATTCTCTATAGTGACCCGCAGCCTGGAACTGCGTGTCTGTATTGCTCACAAATCAATTCCCGCCCTTATCGGACAGGGAATGAAGTATTGCTGCCGGCTGGCGCTGCACGCCGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCACATTCAATACATTTCAGAATTTTCGTAGGCCTGATCAGCGGAGCGCCTACGGCA‑tttttt > 1:750096/1‑300 (MQ=255) ggggAGAAGGAACGGCGACA‑GAACACGGATGGTCTAGAGTGACCCGCAGACCGGAGCTGGGGGTCAGGATGGCGCAAAAATCACGTCCCGCCCGTATGGGACAGGGAATGAAGGAGTGCGGCGGGATGGTGCTGCCAGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGGATCCAGAGTGTCGCCAAAGTGCGCTTTGTTGATGCCGGATGCGGAGTTAACGCCGTAGACGGCCGACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAGGCCTGATAAGCGGAGCGTATCAGGCA‑TTtttgcc < 2:790567/298‑1 (MQ=255) aaCA‑TAACCCGGATTCTCTATAGTGACCCGCAGCCTGGAACTGCGTGTCTGTATTGCTCACAAATCAATTCCCGCCCTTATCGGACAGGGAATGAAGTATTGCTGCCGGATGGCGCTGCACGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAGGCCTGATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑tttt > 1:123747/1‑299 (MQ=255) 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cTGATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTTTAATTATTCGATAGAGACGTTTTCGAAGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAACTTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGGAGTGAGCGATGATCAGTGCCGGAGCCTGATCGTGCATCACCACCTGCGCTTGTTTGTACAGTTCAACGCGTTTATTGTGGTCGTCGGTAGCACGCGCCGGTTGAATCAGATCTTCAAACGGTTTGTAGCACCATTTTGAGTAGTTGGAg < 1:1035789/301‑1 (MQ=255) taTAATCGGATAGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTTCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTTGAATTATTCGATAGAGACGGTGTCGAAGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAACTTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGGAGTGAGCGATGAGCAGTGCCGGAGCCTGATCGTGCATCACCACCTGCGCTTGTTTGTACAGTTCAACGCGTTTATTGTGGTCGTCGGTAGCACGCGCCGGTTGAATCAGATCTTCAAACGGTTTGTAGCACCATTTTGAGTAGTTGGAGcc < 2:1100190/300‑1 (MQ=255) gATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTTTAATTATTCGATAGAGACGTTTTCGAAGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAACTTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGGAGTGAGCGATGATCAGTGCCGGAGCCTGATCGTGCATCACCACCTGCGCTTGTTTGTACAGTTCAACGCGTTTATTGTGGTCGTCGGTAGCACGCGCCGGTTGAATCAGTTCTTCAACCGGTTTGTGGCCCCATTTTTAGTCTTTGGatc > 2:441634/1‑298 (MQ=255) gATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTTTAATTATTCGATAGAGACGTTTTCGAAGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAACTTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGGAGTGAGCGATGATCAGTGCCGGAGCCTGATCGTGCATCACCACCTGCGCTTGGTTGTACAGTTCAACGCGTTTCTTGTGGTCGTCGGTAGCACGCGCCGGTTGAATCAGATCTTCAACCGGTTTGTAGCACCATTTTGAGTAGTTGGAGc > 2:56126/1‑300 (MQ=255) gATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTTTAATTATTCGATAGAGACGTTTTCGAAGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAAATTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGGAGTGAGCGATGATCAGTGCCGGAGCATGATCGTGCATCACCACCTGCGCTTGTTTGTGCAGTTCAACGCGGTGATTGTGGTCGTCGGTATCACCCGCCGGTTGACTCCGGTCTTCACAGGGTTGTTAGCACCATTTTGGTGAGTTgggtca > 2:340789/1‑297 (MQ=255) gATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTGTAATTATTCGATAGAGACGTTTTCGACGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAACTTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGTAGTGAGCGATTATCCGTTCCGGATCCTGATCGTGCATCACCCACTTCACTTGGTTCTCCAGTTCACAGCGTTTATTTTGTGCTTCGGTATCACGCGCCGGTTGAATCCGATCTTTCAACGCTTTGTATCCCCATGTTGCGTCGTTGTAGc > 2:330586/1‑300 (MQ=255) 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TCCCAAACGTCGGAGAATAAACTGCAACA‑TAACCCGGATTCTCTATAGTGACCCGCAGCCTGGAACTGCGTGTCTGTATTGCTCACAAATCAATTCCCGCCCTTATCGGACAGGGAATGAAGTATTGCTGCCGGATGGCGCTGCACGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAGGCCTGATAAGCGGAGCGCATCAGGCA‑TTTTTGCCTTTGCCATCAGTC‑TTGTATGGCTTTTAATTATTCGATAGAGACGTTTTCGAAGTGATGT‑TTGCCTAATGGATCAAC‑CACATAGCCTTTAACTTCTTTACGTAC‑CGGTTCAAACACGGTGGAGTGAGCGATGATCAGTGCCGGAGCCTGATCGTGCATCACCACCTGCGCTTGTTTGTACAGTTCAACGCGTTTATTGTGGTCGTCGGTAGCACGCGCCGGTTGAATCAGATCTTCAAACGGTTTGTAGCACCATTTTGAGTAGTTGGAGCCTTGTTCAGAGGCGGCGCAG > NC_000913/3705761‑3706359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |