Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,364,720 | 1 | .→G | 1.1% | 1.5 0.0 ‑0.3 | 180 | coding (323/1698 nt) | dsbD | thiol:disulfide interchange protein and activator of DsbC |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (107/71): total (108/72) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.59e-01 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CAATGCTCTGGCAGTGGAGAGCCGCTGTTTACCACCCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGCGCGTCGAATAATCCGGCAAAAACGGAAGTGCTGCAAAGTAGCAGGA > NC_000913/4364422‑4365017 | aaaTGCTCTGGGAGTGGAGAGCCGCTGTTTAACACCCAGGACGATGCCAGAAATCAGTGGGTAAATGGGCAGCACGCAGGGCGTAAAGGGGATACCAATACCGGTCAACAACGCCCAGGGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑gg < 2:144417/300‑1 (MQ=255) gctggggCAGGGGGGGGGCGCTGGGTACCCCCCATCACGAGGACAGAAATCAGTGGGTACAAGTGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGAGACCAGGAGCGAGCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTg < 2:950323/295‑1 (MQ=255) ctGGCAGTGTGGGGACGCTGTGTACCACCGAGCTGGCTGGCAGAAAACAGGGGGTAGATGGGCGGCACGCATGGAGTAAAGGGGATACCAATACCGATCAACCACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGTGGGGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACAGAGGCGGGGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATgg < 1:1044901/301‑1 (MQ=255) gTGGAGAGCCGCTGTTTACCACCCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACCGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGCACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCAAAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGGTCCCGCACTCGCCC‑GGTTGATGGTTACgg > 1:27909/1‑301 (MQ=255) gTTTACCACCCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATCCCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCGGCTCTTGCTGCGGGACAGACACACGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGCACGTCTTTGGGTTCTGGCGGGTAACAGCACACGGCCTCACCCCAGCCCTGGTCTGTGGCAGTTACCGTCTCTTCCGCCACCGCCT‑GGTTCGTGGttgagtgacgcggcaggcg > 2:641504/1‑283 (MQ=255) gTTTACCACCCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCCGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTGGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTACCGGAACGGGTTTGGTTTCTGGCGGATTACAGAAACCGGCATCAGCCCCGCCCTGGTCGGTGACCGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTTATGGTGCAGGCAACCGTCGGCCg > 2:101891/1‑301 (MQ=255) gTTTACCACCCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGCCCAC‑TTCGCTTAACGGCACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAACCCTGCATCACCCCAGCCCTGGTAGGTGACAGTTACCCTCTCCCCCCCCCTCGCCT‑GGTTGATGGTTGCGGGAAGCGGCCGcc > 1:326575/1‑300 (MQ=255) gTTTACCACCCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTCACGGAACGGTTTTGGTTACTGGCGGATAACAGAAACAGGCATCAGACCAGCCCTGGTAGGTGGCCGTTAAGGTCGGTCCCGCACTCTCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGGGGCAGGCg > 1:1078197/1‑301 (MQ=255) tttACCCCCCAGCACGAGGCCAGAAACCAGTGGGTAAAATGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACCACGCCCAGGGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCg < 2:72177/300‑1 (MQ=255) accCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGCCAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCAT‑GGTTGATGGTGACGGGAACCGTCCGCCGATCGCgg > 1:87862/1‑301 (MQ=255) 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cATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGCAGCTGCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTATTGCCGTAAAACTCAt > 1:1014446/1‑299 (MQ=255) ttGGCAGGCCGTGTGGCGTAAAGGTGATACCAATCACTGTCAACAACGGCCAGGGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGTGTCCCTTGCTGCGGAACGTACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCTCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTc < 1:430588/301‑1 (MQ=255) gCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGCCCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCCCAGCCCTGGGAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTAGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCCCGGTCAATCTCGCTTTTGCCGGAAACATAATTTTCTTGCGCGCCGCCttt > 1:702071/1‑300 (MQ=255) 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tACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTGTTGCTGCGGCACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCCTCCGCCCAGCCCTGGTAGGTGACCGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGGAGAGGAAGCCGAACGCGGTAAGTCTCGCTTTTTCCGTACCTCGCCTCTTCATTGCAGCCGCCCTTCGGCAACTgaga > 1:969714/1‑298 (MQ=255) tACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGACCGGTTTTGGTTTCTGGCGGATGCCAGAAACCGCCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGAACGTTAGCGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCAGTATATCTCGCTTTTGCCGTAAGACTCAGCTTCATGCACGACGCGTTgggtctgaggca > 1:819760/1‑289 (MQ=255) tACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTACCGTCGCTCCCGCCCTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTACAACTCGCTTTTGCCTTAAAACCCATCTTCATGCCCGACGCCTTCCGGCAGCTGcc > 2:160002/1‑299 (MQ=255) 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cAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGCGCGTCGAATAATCCGGCaaaaaa > 2:926609/1‑300 (MQ=255) gTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGCGGTAGTAGCAGTCTTTGATCTGCCCGGTCAGATTACGGTCATGTTGTTTTTGCTGAAACTCACAAGCACAGGCTTGATCCGAGGGGACAAATTGTGAACGTCACGGCGCGTCGAATAATACGGCAAAAACgg > 1:370295/1‑301 (MQ=255) gCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGCTCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGAGCGTCGAATAATCAGGCAAAAACGGAAGTGATGCAAAgga > 2:435243/1‑299 (MQ=255) gCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATtg < 1:632261/248‑1 (MQ=255) cGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAAAGTCCCGGCGCGTCGAATAATCCGTCAAAAACGGAAGTGCTGAAAAgagaccga > 2:413102/1‑294 (MQ=255) cGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGATTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGAGCGTCGAATAATCCGCCAAACACGGCAGTGCTGCAACGTAGCCgg > 1:939508/1‑301 (MQ=255) tccT‑GGGGGAGGGTGATGGGGAGCGTCAGCCGAGTGCGGTACATCTCGGTTTTGCCGTAAAACTCATCTTTGTGCACGACGCCTTGCGGCAGATGCACTTCGGCCATTTTCGCGCGTGCCGGCGTAATGCGTATCTGTTTACGGCAGAGGTAGTAACCGTGTTCGATCTGACAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCGGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGCTCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGCGCGTCGAATAATCCGGCAAAAACGGAAGTGCTGCAAAGTAGCAGGa < 2:917887/300‑1 (MQ=255) ccT‑GTTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGTTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTCCGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGCGCGTCGAATAATCCGGCAAAAACGGAAGTGCTGCAAAGTAGCAGGa < 1:385138/300‑1 (MQ=255) ccT‑GGTGGTGGGTGCAGGGAAGGGTCAGCCGGTCGCGGTAAAGCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGCGCGTCGAATAATCCGGCAAAAACGGAAGTGCTGCAAAGTAGCAGGa < 2:1063386/300‑1 (MQ=255) | CAATGCTCTGGCAGTGGAGAGCCGCTGTTTACCACCCAGCACGATGCCAGAAATCAGTGGGTACATTGGCAGCACGCATGGCGTAAAGGCGATACCAATACCGATCAACAACGCCCAGAGCGCGGAAAAGGGCAATTGCGCGGTGGGCTGCTCTTGCTGCGGAACAGACACAGGCTGTGGCGCTGCGTTGTTGGCGACCAC‑TTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT‑GGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGATCCGCGGGGACAAATTGTGAACGTCCCGGCGCGTCGAATAATCCGGCAAAAACGGAAGTGCTGCAAAGTAGCAGGA > NC_000913/4364422‑4365017 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |