New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_000913 | = 2304987 | 102 (0.790) | noncoding (571/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCC > NC_000913/2304166‑2304754 | ggCTATTATTATTTGGTCTTTGATAAAGTCAGGTCCCCGGTTTCAACGAAGATGGCCTGCCCGGATGGGAAGAAAGAGAAGAAAGTGGTC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTCCCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGcc < 2:774170/301‑1 (MQ=255) cTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGGCCCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCgg > 1:265701/1‑301 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGATGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCCACCGGTAGGTGAGACAAGGCGGTGACGGCGAATCCGAACTCCAACGCCCGAGCCGGTTg > 2:4519/1‑301 (MQ=255) ggttttttattcttttGAGAAGGTCAGTCCCCCGGATTCAACGAGGTTGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTC‑ACCGGGTAGCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGGATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTg < 1:542733/288‑1 (MQ=38) tattattATGTCTTTGATAAAGTACGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTg < 1:837982/299‑1 (MQ=255) atttttATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTGCAGCGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGGC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACATCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGcc < 2:769374/301‑1 (MQ=255) attattATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGGTCGGCACCCCGTATGTCAGCCAAGGCGGTCACGCCGCCTCCGACATCCAACGCCCGCGCCGGttc > 2:838211/1‑298 (MQ=255) 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ccACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACTCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGc < 2:1078586/300‑1 (MQ=255) ccccGTGGGTCAGACAAGGCGGTCCCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 2:951343/301‑1 (MQ=255) ggTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCTACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCt > 2:218422/1‑301 (MQ=255) gTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGATCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTGACGCCGCATCCGACATCTAACGCCTAAGCCGGTCGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTcgt > 2:212611/1‑299 (MQ=255) gACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTCGGTCGGATACGGCGGTTACCCCGCGTCCGACCTCTAACGCCCAAGCCCGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCCTcctctc > 1:1127533/1‑295 (MQ=14) cAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCACGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCATACACCGCTTTTAAGTGCTCCAccc > 2:190421/1‑301 (MQ=255) | GGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTC‑ACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATG‑TAGATG‑TGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCC > NC_000913/2304166‑2304754 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |