| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3658001 | 132 (1.020) | 6 (0.050) | 6/558 | 15.5 | 4.5% | intergenic (+434/‑365) | hdeD/gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| ? | NC_000913 | = 3658004 | 128 (1.030) | intergenic (+437/‑362) | hdeD/gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTGAACAACGATTC > NC_000913/3657708‑3658301 | aTTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGTCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGCATGCGTTATTTACTAAGGTAATTTCAATGAGTTAAAAGAAAGCTGGCAATACACttt > 2:128566/1‑300 (MQ=255)aTTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCCGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTg < 2:559529/301‑1 (MQ=255) tCTAATTTTTTTCGCTCTATGGTAAATTAGTAATTTCTAACAATATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCCTTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGc < 2:1128141/300‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTTTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGAGTTCTTTAATCAGGTAATTTAAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTCCAAGTTTa > 2:497824/1‑300 (MQ=255) aaTTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGAGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATACGTTTCTCAAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATACATGCGTTTTTTACTCAGGTAATTTCACTGCGTTAAAAGAAAGCTGGCACTTCAATTGCCatgtta > 1:132269/1‑295 (MQ=255) aaTTTGTTTTACTCGATGTCACATTAACCCTTTCAAACATTCGCATTGCTGATATTTTCCGTATTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGTGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCCTAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGc < 2:27359/297‑1 (MQ=255) aTTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTATCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGAAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCAAGCTTa > 1:868080/1‑299 (MQ=255) aaaaTTAGTCCTTTCAAACATTATCATGGCTGAAATTTTCCGGAGTCAAGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTATGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCAGTAAGCGTTGATGCTATGGGCTGTTAAATAAGTAATCCGTGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCg < 1:156477/300‑1 (MQ=255) tttAAAACGTTAACATGGCTGTTATTGTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGGGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAAt < 2:296634/300‑1 (MQ=255) ttaaaaCATTATCATGTCTTATTTTTTCCGTAGTCAAGTTTAAATTTTTAAAATTGCTGTGGGAAAAGGAACAAAGATTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATc < 1:791930/297‑1 (MQ=255) cAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGATGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGTTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCgg < 2:306999/300‑1 (MQ=255) aaaCATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGAt < 2:862957/301‑1 (MQ=255) ggCTTATAGTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAAc < 2:868313/300‑1 (MQ=255) cTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACttt > 2:475739/1‑301 (MQ=255) gATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAACCAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACttt > 2:1070777/1‑299 (MQ=255) gTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTTCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAACTCGGATTACATTTTAACTTTAGTCATcttctt > 2:564020/1‑301 (MQ=255) aGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAATTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGTATTACATTTTAACTTTAGTAATAttcttc > 1:364661/1‑300 (MQ=255) gTCAGAGTTAAGGTGTTAAAAGTGTAGTGCGTAAGAGTAACATGAGTTCCGTAAGCTTTGAGTCCATGGGCGTGTAATGAAGTAAACGTGGTTCATTTTTTTGCAACTGTCGTTAATTAAATTGCATAAATATTCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCCATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCag < 1:283222/301‑1 (MQ=255) tcgagtatAAAGTTTTAAAAGTGCTGTAGGAAAATGAACAAAGAGTTCCATACGCGTTGCTGCTATGGTCGGTTACATATGTAATCCGGGTTCATTTTTTTTCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCag < 1:645454/293‑1 (MQ=255) 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agtaaTCCAATTACCTACTTAAGTCGAAACAAAGAGACTCTATATTTAAATCGGAATACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTGaacaac < 1:868958/298‑1 (MQ=255) aTCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTATGTTTAATAGAGTTATTAGTTACGGAAGGTTAAGGTTTTTTAAGTAGTTTA‑TATATGTAAAAACGaatt > 1:161918/1‑298 (MQ=255) tCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGATTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGACGTATTGATTAGTGTTAATATACGTATTAGTTTACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGTGTTTAATAAATTGaactaaaattt > 1:701396/1‑293 (MQ=255) | ATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAAACATTATCATGGCTGATATTTTCCGTAGTCAGGTTTAATGTTTTAAAAGTGCTGTGGGAAAGTGAACAAAGAGTTCCGTAAGCGTTGATGCTATGGGCGGTTAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTGAACAACGATTC > NC_000913/3657708‑3658301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |