Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,370,188 | 0 | C | A | 53.9% | 46.8 / 177.1 | 154 | intergenic (+185/‑28) | pspE/ycjM | thiosulfate:cyanide sulfurtransferase (rhodanese)/alpha amylase catalytic domain family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/39); new base A (46/37); total (78/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CGGACGCCAGTCAGGGCAAGCAAAAGAGATCCTTAGCGAGATGGGATATACCCACGTTGAGAACGCCGGTGGCCTGAAAGACATCGCAATGCCGAAGGTCAAAGGTTAAAAGAATTCACCATGAGCGGCGCTTATGCGCCG‑TTTTTTTTTCTGTCACACCTTATTTACATCCCCATAGATTATTTGCGTCAGCTCACAAATACGCTTTTTCCCTGGTAAAAAATGATTTCCTGCGTGACTAAAACCCTTGTGCTCAATTGACAGTTTATTTTCTGCGGAGTAGTCTCTCGTTTCATGGGACCGCTACCACGGAAAGGCAACATGAAACAGAAAATTACGGATTACCTG‑GACGAAATCTACGG‑TGGAACATTTACCGCA‑ACTCATTTACAGAAACTTGTAACGCGTCTTGAGAGTGCGAAACGATTAATTACACAGCGACGTAAAAAACACTGGGATGAAAGTGATGTCGTGTTAATTACCTATGCCGATCAATTTCACAGCAATGATTTAAAACCATTACCCACATTTAATCAGTTTTACCATCAATGGCTGCAAAGCATTTTTTCACATGTTCATTTGTTGCCGTTTTA > NC_000913/1369895‑1370484 | ggACGCCAATCAGGGCAAGCAAAAGAGATCCTGAGCGAGATGGGATATACCCACGTTGAGAACGCCGGTGGCCTGAAAGACATCGCAATGCCGAAGGTCAAAGGTTAAAAGAATTCACCATGAGCTGCGCTTATGCGCCG‑TTTTTTTTTCTGTCACACCTTATTTACATCCCCATAGATTATTTGCGGCAGCTCACAAATACGCTTTTTCCCTGGTAAAAAATGATTTCCTGCGTGACTAAAACCCTTGTGCTCAATTGACAGTTTATTTTCTGCGGAGTAGTCTCTCGTTTAATGGGAcc < 2:551581/301‑1 (MQ=255) 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CGGACGCCAGTCAGGGCAAGCAAAAGAGATCCTTAGCGAGATGGGATATACCCACGTTGAGAACGCCGGTGGCCTGAAAGACATCGCAATGCCGAAGGTCAAAGGTTAAAAGAATTCACCATGAGCGGCGCTTATGCGCCG‑TTTTTTTTTCTGTCACACCTTATTTACATCCCCATAGATTATTTGCGTCAGCTCACAAATACGCTTTTTCCCTGGTAAAAAATGATTTCCTGCGTGACTAAAACCCTTGTGCTCAATTGACAGTTTATTTTCTGCGGAGTAGTCTCTCGTTTCATGGGACCGCTACCACGGAAAGGCAACATGAAACAGAAAATTACGGATTACCTG‑GACGAAATCTACGG‑TGGAACATTTACCGCA‑ACTCATTTACAGAAACTTGTAACGCGTCTTGAGAGTGCGAAACGATTAATTACACAGCGACGTAAAAAACACTGGGATGAAAGTGATGTCGTGTTAATTACCTATGCCGATCAATTTCACAGCAATGATTTAAAACCATTACCCACATTTAATCAGTTTTACCATCAATGGCTGCAAAGCATTTTTTCACATGTTCATTTGTTGCCGTTTTA > NC_000913/1369895‑1370484 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |