Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,753,712 | 0 | A | T | 32.5% | 161.8 / 99.7 | 124 | I40N (ATT→AAT) | ydhV | putative oxidoreductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/38); new base T (18/22); total (64/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCACTCGATAATTTTTAACGCCCCTGTTGGGCAGGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATTTCGAGGATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACGGGCATGCCGTAGTACAGGCGCT > NC_000913/1753414‑1754000 | ccATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAAATACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTAGTGCATGCCGGTACTTCGTCATACCTAttt > 2:741417/1‑301 (MQ=255) tttCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGTGTATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATATTTTTGTAGCCGAAGCCCa < 2:472226/300‑1 (MQ=255) tCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCCTTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGGACCAGAACAATTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTACATTATTCGATTCATCGAACGTTTTCTTGCCTGGCCGTACTTCGTCATACATATTTTTGTAGCCGAATCCCATGc > 1:1061456/1‑301 (MQ=255) ccaacaccctcatccgatctCTTCCGCCAACCCGGTGTTTTCGCCTTCCCTTCGATAAAAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCAcc < 1:239768/280‑1 (MQ=255) tAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACAAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTACGTGCCTGGCGGTTATTCTGCATACTTATTTTTTTAGACGAGGCCCATGCCCCCGAc > 1:605408/1‑301 (MQ=255) aaCTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCAATCATAATTTTTGTGCCGAAGccacttcacccgcc > 1:297994/1‑288 (MQ=255) ttGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTACATTTCCTTTGGTCAACGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACAAGATCCAGTTACTGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTAGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATATTTTTGTAGCCGAAGCACATGCACCCGACcaacc > 2:675624/1‑299 (MQ=255) 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cGTCAAACATATTTTTTTAGCCTAAGCCCATTCCACCGAAAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATGTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCACTCGATAATTTTTAACGCCCCTGTTGGGCAGGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATTTCGAGGATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACGGGCATGCCGTAGTACAGGCGCt < 2:414852/300‑1 (MQ=255) gTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTcc < 2:1004580/139‑1 (MQ=255) gTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTcc > 1:1004312/1‑139 (MQ=255) | CCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCACTCGATAATTTTTAACGCCCCTGTTGGGCAGGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATTTCGAGGATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACGGGCATGCCGTAGTACAGGCGCT > NC_000913/1753414‑1754000 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |