| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1096961 = | 164 (0.750) | 45 (0.280) | 14/418 | 17.0 | 25.5% | intergenic (+132/+604) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser |
| ? | NC_000913 | = 1097503 | 144 (0.910) | intergenic (+674/+62) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAAT‑A‑CACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTG > NC_000913/1096661‑1097259 | gtCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCAc > 2:1793825/1‑301 (MQ=255) ggTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACCGACGTGGGGGGGGGCACCCg > 1:1498722/1‑301 (MQ=255) tATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGgt > 2:1857596/1‑301 (MQ=255) aTTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTTCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGgtg < 2:387899/301‑1 (MQ=255) ttGGTAACTCTTGTAGAAGGGCTGATGTGGTTTTAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGgtg < 2:1499122/300‑1 (MQ=255) ggCGGATTTGGTTTTAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGaaaaaaa < 2:1672521/301‑1 (MQ=255) ggATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGc < 2:1344672/301‑1 (MQ=255) tttGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATATCGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGGGACCATATAATACATAGATGTTCTGTACTCTCTTGCGCACTTTGATTGTTGACGGAGTAATCATACAGTTGATGGTCACGATTGCCCCTCGTCCTAAAAGAGCGAGCCGGGGGCCACCGGTGGGT‑GCACTATACGAAAAAAAAGcccc > 1:1419548/1‑300 (MQ=255) ggTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCAGCCGGTGTGT‑GCACTATACGAAAAAAAAGCGCGTAc > 2:654906/1‑301 (MQ=255) tttGAAGCCTTTTTTTTTGTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTACTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACt < 2:753897/300‑1 (MQ=255) 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gTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTTTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGaaa < 1:1423855/259‑1 (MQ=255) gTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCACCTCGCACTAACAGACGTGGGTGGGGGCACCCGGGGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAACACCGTACGTTTGCACGAGCTCTTCGTTataattggt > 1:727792/1‑293 (MQ=255) ccGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTTATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATCCGAACAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTATTCTCTAAAGATGGCggg > 2:910473/1‑300 (MQ=255) gTGCTTAATTTATTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTTGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCgg < 1:1341782/298‑1 (MQ=255) aaTTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGACAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑gggggg > 2:483473/1‑301 (MQ=255) aTTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGTGAACCCGGTGTGT‑GCAATTTACGAAAAAAACGCCCGTACTTTCGTAAGAGCTCTTCTTTAAATAGGGCGGAGA‑ggggggg > 2:506937/1‑301 (MQ=255) 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cGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCACCTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGTCTTCTCATCCCCCCGCTGTGTGCAAT‑A‑CACGACAAAAAATCCCGCACTGTCGTCCACGCTCATCTTTAAATAATGCGTTGAAGGGGGGATTggagtgattagccc > 1:87754/1‑288 (MQ=14) cccTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGA‑CCCCGGTCGGGGCCTTCCCTTCCCCCGGGGTGTGCCAT‑ACCCCGAAAAAAACCCCCGT‑CTTTCGTTCGGGCCCTTCCTTAAATATTGCGGGGGGGGGGGGATTGACtccgtttgcctgcc > 2:812355/1‑289 (MQ=14) cgtaCGTGTGTGGGGGCACCCGGGTTGT‑GAAATATACGAAAAAAAACCCCGTCGTTGCGTACGGGTTCTTCTTTAAATTTGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTCCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAAT‑A‑CACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCg < 2:20721/298‑1 (MQ=11) cGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCCCCCTGCGGGCCGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCCCATCCCCCCGGTGTGTGCAAA‑T‑CACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGTCGGGGCGGGGGGGATTTAccgcgttcacgtggggagtgctct > 1:1974008/1‑278 (MQ=11) gCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtg > 1:1282989/1‑197 (MQ=35) gCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtg < 2:1283340/197‑1 (MQ=35) gggCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAAT‑a‑c < 2:671359/203‑1 (MQ=34) gggCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAAT‑a‑c > 1:671191/1‑203 (MQ=34) cACCCGGT‑TGTGGCAATATACACAAAAAAAGCCCGAACATTCGTACAAGCCTGTTTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCACGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCTCTGCGTTCCC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAAT‑A‑CACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTg < 2:899514/301‑1 (MQ=11) | GTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTA‑TTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTG‑AGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGT‑GCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGA‑GGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCAC‑GGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCC‑AGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAAT‑A‑CACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTG > NC_000913/1096661‑1097259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |