| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2282829 | 214 (0.980) | 10 (0.050) | 9/554 | 25.2 | 4.7% | intergenic (+28/+111) | rplY/yejK | 50S ribosomal subunit protein L25/spermidine nucleoid‑associated protein |
| ? | NC_000913 | = 2282833 | 204 (0.970) | intergenic (+32/+107) | rplY/yejK | 50S ribosomal subunit protein L25/spermidine nucleoid‑associated protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AACGCAGAAGTACGTAAAGAGCAGGGTAAGGGTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAACACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGCGGCGTGCCTTTAATGGTCAAGGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAAGATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAGCCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTC > NC_000913/2282529‑2283125 | aaCGCAGAAAGACGTAAAGAGCAGGGTAAGGGTGCGAGCCGCGGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCTACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGc < 2:1063454/301‑1 (MQ=255) gTACGTAAAGAGCAGGGTAAGGGTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCCTACAACCCGAAGCTGAAGCAAATCGACTTCGTTCGCCCTTAATTGCGGAATAAGTTTGAAAAAACCCCGCTCCGGCggg > 1:1166364/1‑301 (MQ=255) aaGAGCAGGGTAAGGGTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGtttttt < 2:1888407/301‑1 (MQ=255) ggagCAGGGTAAGGGTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTg < 1:23277/300‑1 (MQ=255) agagCAGGGTAAGGGGGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTg < 2:1969892/301‑1 (MQ=255) gggTAAGGGTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACACCGCCTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAAAAAGTTTTAAAAAACCCCGCCCCGGCGGGGTTTTTTGTTTCTg > 1:16137/1‑301 (MQ=255) gggTAAGGGTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCAACTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCcgg < 2:1226973/283‑1 (MQ=255) gggTGCGAGCCCCCGCCTGCGAGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGAtt < 1:1125021/301‑1 (MQ=255) ggTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTACAGAACTCAAAGTTAAAGCTCCGGACGTACAGCGTCCACCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCTTTCGCGCTTAATTGCTTAATAAGTTGTAACACACCCAGCACCGCCGGGGTTGTTTGTATCTGccaattt > 1:533411/1‑295 (MQ=255) cgccTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGCTTATGCCTGATTACg > 2:924763/1‑301 (MQ=255) gccTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATAAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACgg < 2:1911013/301‑1 (MQ=255) cggcggccctccaaCAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAAAAGCACCTCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTa < 1:416895/289‑1 (MQ=255) gCGGGCCGATAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTAtt < 2:1385796/301‑1 (MQ=255) gCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTGGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTtttt > 1:381409/1‑301 (MQ=255) acgaaaaaggcccccgacagtcaccaccgTGGGACAGACGCGCCGCGGGCTTACGGAACGGATCACCGCAACGTCAGGGACATGCAAGCTAAAGCTGAATGCTACAGAGAAGTGCCGACCAGCGTGGTTGACGGTAAAGAAAGCAAAGTTAAAGCTCACGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGTAGCACATCGAATTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTAttt < 1:666934/273‑1 (MQ=255) aaGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAACACCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGCTTACGGTATTGCTATTTTTTGc > 2:1583919/1‑300 (MQ=255) cAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCCGATa > 2:1081599/1‑300 (MQ=255) ggCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTCAGGATTATGCCTGATTACGTTGTTGCTATTTTTTGTAGTCCAGTTAAGTCGTTCatccctc > 1:162519/1‑295 (MQ=255) ggCAAAGAAGCACCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCAcgccgc < 2:642051/301‑1 (MQ=255) cAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCAt > 2:443078/1‑301 (MQ=255) aaagCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACCACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTgg < 2:357427/300‑1 (MQ=255) aaaccgccacTGACTAACTAGCTGGATAACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGGTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACGTCGTTCGCGCGTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTgg < 2:576389/297‑1 (MQ=255) gccgcTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACAACGACTTCGTTCGCGCTTAATTTCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCACTCCGGCGGGGTTTTTTTTATTTGTAGATTATGCCTTATTCAGGGATTGCGATTTTTTGCAGACTAGTTAAGTCGTTCACTCCTCATCTGGCtttt > 1:1903024/1‑300 (MQ=255) atgtcatggaggtggacaccggccaaGTCAGGAACATGAAAGCTATAGCTGAAATCTACCGCGAAGTTCTGAACAGCGTAGATGACGGTATAGAAATCAACGTTAAAGCTCAGGACGGACAGCGTCGCCCGTACAAACCGAAGCTCCAGCACATCGACTTCGTGCGCGCTTAATTGGTGAATAAGTTGTAAAAGACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGa < 2:870553/275‑1 (MQ=255) ggCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGAGTTCACGCCGCATCTGTCGTTCAGa > 1:339123/1‑298 (MQ=255) 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cccGCTCCGGCGGTGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAACACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGCGGCGTGCCTTTAATGGTCAAGGTATCGGTTGc < 1:1823747/196‑1 (MQ=255) cccGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAACACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGCGGCGTGCCTTTAATGGTCAAGGTATCGGTTGc > 2:1824243/1‑196 (MQ=255) cccGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAACACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGCGGCGTGCCTTTAATGGTCAAGGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAAGATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGGCAAGCCCCCCCCGCTCCAGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTc > 1:1106584/1‑301 (MQ=255) | AACGCAGAAGTACGTAAAGAGCAGGGTAAGGGTGCGAGCCGCCGCCTGCGTGCCGCTAACAAGTTCCCGGCAATCATCTACGGTGGCAAAGAAGCGCCGCTGGCTATCGAGCTGGATCACGACAAAGTCATGAACATGCAAGCTAAAGCTGAATTCTACAGCGAAGTTCTGACCATCGTTGTTGACGGTAAAGAAATCAAAGTTAAAGCTCAGGACGTACAGCGTCACCCGTACAAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAACACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGCGGCGTGCCTTTAATGGTCAAGGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAAGATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAGCCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTC > NC_000913/2282529‑2283125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |