| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | 1413022 = | 309 (1.350) | 8 (0.040) | 8/566 | 26.7 | 2.6% | coding (214/1236 nt) | intR | Rac prophage; integrase |
| ? | NC_000913 | 1413041 = | 295 (1.320) | coding (195/1236 nt) | intR | Rac prophage; integrase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TATAGTTATCAACTGTGCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGG‑CCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGAACCAGATGCGAATGTATCTACCTCTAATCTCGACACCTGTTGGTAATTTAGACATATCATGAGTCTTTG‑ATAAACTGATTTATCTTTGGATAGTTGTACCAGATAATCCCTCGTTTGCTGTCTGGCTTACCTAAAGGAGATACTCGTTTGAAGTGGAAGCC > NC_000913/1412743‑1413341 | taGTTATCAACTGTGCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTTTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTTTCCAGATTTAACAAAGTTCTCCGAACGTTTTTTTGACTCTCGTTTTTACCTTTTTGGCTCAAGGGATGGACTGGGGaaaa > 1:120907/1‑300 (MQ=255) agtgctCAACTGTGCGCACGGTTTTTCCTTTGTTGGTGGATATTGGATTATCCAGGTAATGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGCTATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAAc < 2:500930/295‑1 (MQ=255) aGTTATCAACTGTTCGCACGTTTTTTCCTTGTTTGTTGGATCTTGTATTTTCCAGGTAAATCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACCAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAAc < 2:320334/300‑1 (MQ=255) aaCTGTGCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTaa > 2:78206/1‑300 (MQ=255) 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tatttgTATCTTGTATTATTCTGGTTGAGCCGTTCACCATGTAGCAGTTCTTTCATGTAGGTTACGGTATCACTATGACGAATCTGTGTTATCCGGGTACATTCACTTACTATTTTTCTCAGTTTTTTTAATTTTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTTACTCTGTTTGTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTACTAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTAtt < 1:39931/297‑1 (MQ=255) cTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACtt > 1:1682731/1‑300 (MQ=255) tttattttccagtttattcGTTTCTCCATTCATCCTTTTTTTCCGGTTTTTTAAGTTATCGTTTTAACTAATATGTGATATCTGTGTACTTTCTCTATTTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACt < 1:107283/280‑1 (MQ=255) 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TATAGTTATCAACTGTGCGCACGGTTCTTCCTTTTTTGTTGGATCTTGGATTATCCAGGTAAAGCGTTTCTCCATGCAGCAGTTCATTCCGGTAGTTTAAGATATCGCTATAACGAATATGTGATATCGGGGTACTTTCACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGG‑CCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGAACCAGATGCGAATGTATCTACCTCTAATCTCGACACCTGTTGGTAATTTAGACATATCATGAGTCTTTG‑ATAAACTGATTTATCTTTGGATAGTTGTACCAGATAATCCCTCGTTTGCTGTCTGGCTTACCTAAAGGAGATACTCGTTTGAAGTGGAAGCC > NC_000913/1412743‑1413341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |