New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | = 1804099 | 110 (0.960) | pseudogene (582/1476 nt) | arpB | pseudogene, ankyrin repeats | |||||
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Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TATTTTCTTTTGTCGAATGATGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCAATGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTGCCCATACTCCCTGAAAAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGGACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATAATCACATCATTCAT > NC_000913/1803808‑1804390 | tatTTTCTTTTGTCGAATGATGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTTGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTgggg > 1:287834/1‑300 (MQ=255) 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cAATTTCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCAATGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTGCCCATACTCCCTGAGAAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGGACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATaa < 1:217728/301‑1 (MQ=255) cAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCAATGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTGCCCATACTCCCTGAAAAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGGACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATa < 2:119419/300‑1 (MQ=255) ttCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCAATGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTGCCCATACTCCCTGAAAAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGGACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATAATCAcatcat < 1:51661/301‑1 (MQ=255) tCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCAATGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTGCCCATACTCCCTGAAAAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGGACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATAATCACAtcatt > 1:643541/1‑301 (MQ=255) gCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCATTGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTACCCATACTCCCTGAACAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGAACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATAATCACAtcattcat > 2:575077/1‑301 (MQ=255) gCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCAATGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTGCCCATACTCCCTGAAAAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGGACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATAATCACAtcattcat > 1:1086339/1‑301 (MQ=255) | TATTTTCTTTTGTCGAATGATGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTCGCGGGTATTGCATCACGAATGCCATTTGCCCCTATACATCCATCGGCAATGTTGTTAATAATGGCTACAGGCCAGTCTCAACAGCTTATTACATTATTCAAACAGTTGCCCATACTCCCTGAAAAAGAAATCATTGAAATAATAACTGCGCAGAATAGCGTTGGTACACCTGCTTTATTTTTGGCTATGATGAACGGACATACTGACAACGTGAAAATATTTATGCAAGAAATTCAGTCACTGGTAGATAATCACATCATTCAT > NC_000913/1803808‑1804390 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |