| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_000913 | 598946 = | 354 (0.900) | coding (233/3144 nt) | cusA | copper/silver efflux system, membrane component | |||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
ATTCCGAAGCCAATATTTCTGGCGCACTGGAGCGGATGCGCTCTGAAAGTGCTACCCATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGG > NC_000913/598635‑599116 | cAATATTTCTGGCGCACTGGAGCGGATGCGCTCTGAAAGTGCTACCCATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGt > 2:4596081/1‑251 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ctGAAAGTGCTACCCATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGc < 2:5308192/242‑1 tGAAAGTGCTACCCATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGCTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAaccaccac < 2:2644886/251‑1 gTGCTACCCATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACcaca < 2:1403459/207‑1 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tctcCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTAtgt > 1:3122495/1‑154 tctcCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTAtgt > 2:1958804/1‑154 ccGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTAt > 2:2724209/1‑155 ccGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGc > 1:5877317/1‑234 gtgCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAacc < 1:3657495/78‑1 gtgCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCgg > 1:1260226/1‑94 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gtgCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTAc > 1:2505184/1‑180 ggTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGc < 1:4399989/68‑1 ggTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGAc < 2:3591159/133‑1 ggTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTAtg < 2:85436/140‑1 attattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATgtgt > 2:5813912/1‑139 ttattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATc > 2:4121586/1‑165 ttattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGgc > 2:2265959/1‑175 ttattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAgg < 1:4964080/213‑1 ttattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAgg > 2:4963245/1‑213 attaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTgcg < 1:2480009/104‑1 attaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTcac < 2:4492770/115‑1 cAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGAc > 1:1692475/1‑90 cAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGAc < 2:2475707/90‑1 cAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGAc > 2:3440149/1‑90 cAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACtg < 1:5910173/92‑1 cAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTc < 2:5677886/190‑1 cAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACgg > 1:4302516/1‑251 aTCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAcc > 1:5416220/1‑189 aTCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGc < 2:5408805/204‑1 gTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAaccaccacc < 2:2035027/53‑1 gTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATgtgt < 2:1540938/117‑1 gTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATgtgt > 1:1541214/1‑117 | ATTCCGAAGCCAATATTTCTGGCGCACTGGAGCGGATGCGCTCTGAAAGTGCTACCCATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGG > NC_000913/598635‑599116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |