| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3493775 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
GGGTTCACAGCAGACCAAAGTACCGTCGCCAAAACTGGTTAACTTTGTCCTGACCTGCGGAACCATCGGTACTATGTTGACCTTTGTGGTTACCGGCCCGATCGTTGAACATAGCGGTCCGCAGGCGGCACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAGGTGAATTTGATTTACATCAATAAGCGGGGTTGCTGAATCGTTAAGGTAGGCGGTAATAGAAAAGAAATCGAGGCAAAAA > NC_000913/3493518‑3494011 | gTTCACAGCAGACCAAAGTACCGTCGCCAAAACTGGTTAACTTTGTCCTGACCTGCGGAACCATCGGTACTATGTTGACCTTTGTGGTTACCGGCCCGATCGTTGAACATAGCGGTCCGCAGGCGGCACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCa > 1:1857383/1‑249 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gCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAgg > 1:1399232/1‑209 gCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAGGTGAATTTGATTTACATCAATAAGCGGGGTTGCTGAATCGTTa > 2:1598099/1‑251 gCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATT‑CGCGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAgg > 1:2165701/1‑208 cATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGtatat < 1:1298222/203‑1 cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGa < 1:1115921/150‑1 acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATAc > 2:3150096/1‑181 gACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATc < 2:2139468/77‑1 gACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAatat < 1:705446/129‑1 ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGaaa < 1:1763300/121‑1 ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATAccc < 1:2314280/173‑1 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2:5648803/1‑190 ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAGGTGAATTTGATTTACATCAATAAGCggg > 2:5895253/1‑219 ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAGGTGAATTTGATTTACATCAATAAGCGGGGTTGCTg < 1:4217881/226‑1 cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGcac < 1:5929271/109‑1 tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATc < 1:4677774/63‑1 gCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAGGTGAATTTGATTTACAt > 1:2935331/1‑198 gCTCATGCCGAACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTGATTTTGACTATTTTTTGCAAAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATaaa < 1:2877793/180‑1 aTGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAttt < 2:2440302/63‑1 aTGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATAc > 1:247922/1‑157 tGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAGGTGAATTTGATTTACATCAATAAGCGGGGTTGCTGAATCGTTAAGGTAGGCGGTAATAGAAAAGAAATCGAGGCa > 2:140464/1‑251 ggACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTc < 1:823218/115‑1 ggACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATAc < 2:4342050/152‑1 cGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATaaa < 1:3534475/168‑1 | GGGTTCACAGCAGACCAAAGTACCGTCGCCAAAACTGGTTAACTTTGTCCTGACCTGCGGAACCATCGGTACTATGTTGACCTTTGTGGTTACCGGCCCGATCGTTGAACATAGCGGTCCGCAGGCGGCACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTATATAAAGGTGAATTTGATTTACATCAATAAGCGGGGTTGCTGAATCGTTAAGGTAGGCGGTAATAGAAAAGAAATCGAGGCAAAAA > NC_000913/3493518‑3494011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |