| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1634701 | 318 (0.770) | 3 (0.010) | 3/314 | 20.6 | 0.8% | coding (185/576 nt) | tfaQ | Qin prophage; putative tail fibre assembly protein |
| ? | NC_000913 | = 2850429 | 475 (1.190) | coding (7/462 nt) | hycA | regulator of the transcriptional regulator FhlA | |||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 485 total aligned reads displayed.
ATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAACCCTCTGCCAACGGGCAC > NC_000913/2850181‑2850677 | tttCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTc < 1:3340538/251‑1 aCGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGt < 1:1673645/250‑1 tAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTAcc < 1:494695/251‑1 tGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACag < 1:2705470/251‑1 tGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACag < 2:2382330/251‑1 gTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTc > 2:740937/1‑223 gTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAg > 1:3542856/1‑250 ccATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGc < 2:876996/251‑1 cGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCAtttt > 2:504779/1‑251 gggTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTtgtg > 1:5540587/1‑251 aCGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCaa > 2:3332328/1‑250 aaaCAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACag > 1:1217200/1‑189 aaaCAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACag < 2:1216949/189‑1 tCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTaaaa > 1:348530/1‑250 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cGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACag < 2:5120872/136‑1 cGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACag > 1:5121745/1‑136 cGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATg < 2:3512312/141‑1 tAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACat < 2:2993849/251‑1 aCGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAAttt > 2:1797936/1‑210 tGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGGTGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTc < 2:5539664/251‑1 tGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTc < 1:5628750/251‑1 ccccTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTg < 1:5756867/169‑1 cccTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGc < 1:4752113/251‑1 aaCCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGGCGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTGGCCCGTTTAACAGAGATGCCAGCtt < 1:1913293/130‑1 aaCCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGa < 2:5245746/251‑1 gCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAAt > 1:1370027/1‑250 gCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTAACCGCAGGGATAAt > 2:4712183/1‑250 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gCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAAt < 1:3554960/145‑1 gCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAaca > 1:4503085/1‑248 cAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACag > 1:1016928/1‑105 ataTGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCGGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTc < 1:1142290/222‑1 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2:1895802/250‑1 ctcGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAAccc < 1:852158/251‑1 ctcGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAAccc < 1:608320/251‑1 ctcGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAAccc < 1:5695822/251‑1 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aaaTAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCt > 1:963853/1‑191 aaaTAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCt > 2:4359583/1‑191 | ATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAACCCTCTGCCAACGGGCAC > NC_000913/2850181‑2850677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |